"Podstawy mikrobiologii i epidemiologii szpitalnej"

Spis treści

1. IMMUNOLOGIA Marta Ciszek-Lenda 18

1.1. Definicje 18

1.2. Odpowiedź immunologiczna 20

1.3. Budowa układu immunologicznego 23

1.3.1. Narządy układu immunologicznego 23

1.3.2. Komórki układu immunologicznego 24

1.4. Budowa i funkcje przeciwciał 27

1.5. Mediatory układu immunologicznego 29

1.5.1. Dopełniacz 29

1.5.2. Cytokiny 31

1.6. Odporność wrodzona (nieswoista) w zakażeniach 33

1.7. Odporność nabyta (swoista) w zakażeniach 36

1.8. Mechanizmy unikania odpowiedzi immunologicznej przez drobnoustroje 40

1.8.1. Mechanizmy unikania odpowiedzi immunologicznej przez wirusy 40

1.9. System odporności skórnej SALT 41

1.8.2. Mechanizmy unikania odpowiedzi immunologicznej przez bakterie 41

1.8.3. Mechanizmy unikania odpowiedzi immunologicznej przez pasożyty 41

1.8.4. Mechanizmy unikania odpowiedzi immunologicznej przez grzyby chorobotwórcze 41

1.10. System odporności błon śluzowych MALT 42

1.11. Reakcje nadwrażliwości 43

1.11.1. Nadwrażliwość typu I – alergia anafilaktyczna 44

1.11.2. Nadwrażliwość typu II – cytotoksyczno-cytolityczna 46

1.11.3. Nadwrażliwość typu III – alergia kompleksów immunologicznych 47

1.11.4. Nadwrażliwość typu IV – komórkowa 49

1.12. Zjawiska autoimmunizacyjne i immunosupresja 51

1.13. Metody immunologiczne (reakcja antygen–przeciwciało) 54

1.13.1. Testy precypitacyjne 55

1.13.2. Testy aglutynacyjne 55

1.13.3. Odczyn wiązania dopełniacza 57

1.13.4. Testy immunoenzymatyczne i immunofluorescencyjne (IF) 58

2. SZCZEPIONKI I SUROWICE ODPORNOŚCIOWE Hanna Czajka 60

2.1. Definicje 60

2.2. Immunoprofilaktyka zakażeń bakteryjnych 63

2.3. Immunoprofilaktyka zakażeń wirusowych 66

2.4. Zalecane schematy szczepień 68

3. PODSTAWOWE POJĘCIA Z EPIDEMIOLOGII ZAKAŻEŃ Małgorzata Bała 72

3.1. Definicje 72

3.2. Podstawowe pojęcia opisujące model choroby zakaźnej 73

3.3. Zapobieganie zakażeniom i chorobom zakaźnym i ich zwalczanie 75

3.4. Pojęcia związane z rozpowszechnieniem chorób zakaźnych/zakażeń w populacji 76

3.5. Podstawowe miary stosowane w epidemiologii 76

4. MIKROBIOM CZŁOWIEKA I JEGO ROLA W ZDROWIU I CHOROBIE 78

4.1. Definicje Tomasz Gosiewski 78

4.2. Wprowadzenie Tomasz Gosiewski 78

4.3. Mikrobiota przewodu pokarmowego Tomasz Gosiewski 80

4.3.1. Rozwój mikrobiomu w przewodzie pokarmowym 81

4.4. Mikrobiota jamy ustnej i układu oddechowego Dominika Salamon 82

4.5. Mikrobiota skóry Dominika Salamon 83

4.6. Mikrobiota dróg moczowo-płciowych Magdalena Strus 84

5. SPOSOBY POBIERANIA I PRZESYŁANIA MATERIAŁÓW DO BADAŃ MIKROBIOLOGICZNYCH Monika Pomorska-Wesołowska 88

5.1. Wprowadzenie 88

5.2. Zasady podstawowe (ogólne) 89

5.3. Zabezpieczenie materiału biologicznego do badań mikrobiologicznych 90

5.4. Szczegółowe zasady dotyczące pobierania materiałów biologicznych do diagnostycznych badań bakteriologicznych 99

5.4.1. Krew 99

5.4.2. Materiał ze skóry, tkanek miękkich i ran 102

5.4.3. Mocz 103

5.4.4. Kał 104

5.5. Pobieranie i przesyłanie materiałów do badań mykologicznych 105

5.6. Pobieranie i przesyłanie materiałów do badań wirusologicznych 105

5.7. Pobieranie i przesyłanie materiałów do badań parazytologicznych 106

6. BAKTERIOLOGIA OGÓLNA 108

6.1. Budowa i fizjologia bakterii Artur Dr zewiecki 108

6.2. Klasyfikacja bakterii Artur Dr zewiecki 111

6.3. Patogeneza zakażeń bakteryjnych Artur Dr zewiecki 111

6.4. Genetyka bakterii Agnieszka Chmielarczyk 113

6.4.1. Struktura i replikacja DNA 113

6.4.2. Zmienność genetyczna bakterii 114

6.4.3. Wymiana DNA między komórkami bakteryjnymi 114

6.5. Podstawy diagnostyki laboratoryjnej zakażeń wywołanych przez bakterie 115

6.5.1. Mikroskopia, metody hodowlane, identyfikacja Dorota Romaniszyn 115

6.5.2. Badania serologiczne Iwona Żak 121

6.5.3. Metody molekularne Tomasz Gosiewski 123

6.6. Chemioterapia zakażeń bakteryjnych Artur Dr zewiecki 126

6.6.1. Leki przeciwbakteryjne 126

6.6.2. Metody badania lekowrażliwości 130

7. BAKTERIOLOGIA SZCZEGÓŁOWA 134

7.1. Pałeczki Gram-ujemne z rzędu Enterobacterales Agnieszka Chmielarczyk 134

7.1.1. Escherichia coli (E. coli) 135

7.1.2. Rodzaj Salmonella 136

7.1.3. Rodzaj Shigella 137

7.1.4. Rodzaj Klebsiella 138

7.1.5. Rodzaj Proteus 138

7.1.6. Rodzaj Yersinia 139

7.1.7. Rodzaje: Enterobacter, Citrobacter, Morganella, Providencia, Serratia 139

7.1.8. Pałeczki Gram-ujemne z rodziny Vibrionaceae 140

7.2. Pałeczki Gram-ujemne niefermentujące glukozy Dorota Ochońska 142

7.2.1. Rodzaj Pseudomonas 142

7.2.2. Rodzaj Acinetobacter 142

7.3. Pozostałe pałeczki Gram-ujemne: Campylobacter, Helicobacter, Haemophilus, Bordetella, Pasteurella, Brucella, Francisella, Legionella Stefania Giedr ys-Kalemba 144

7.2.3. Rodzaj Stenotrophomonas 144

7.2.4. Rodzaj Burkholderia 144

7.3.1. Rodzaj Campylobacter 144

7.3.2. Rodzaj Helicobacter 145

7.3.3. Rodzaj Haemophilus 145

7.3.4. Rodzaj Bordetella 146

7.3.5. Rodzaj Pasteurella 147

7.3.6. Rodzaj Brucella 147

7.3.7. Rodzaj Francisella 147

7.4. Laseczki Gram-dodatnie sporujące Piotr Kochan 148

7.3.8. Rodzaj Legionella 148

7.4.1. Rodzaj Bacillus 148

7.4.2. Rodzaj Clostridium oraz Clostridioides difficile (dawniej Clostridium difficile) 150

7.5. Laseczki Gram-dodatnie niesporujące Tomasz Gosiewski 152

7.5.1. Corynebacterium diphteriae 152

7.5.2. Rodzaj Listeria 152

7.6. Ziarenkowce Gram-dodatnie Monika Br zychczy-Włoch 153

7.6.1. Rodzaj Staphylococcus 153

7.6.2. Rodzaj Micrococcus 154

7.6.3. Rodzaj Streptococcus 154

7.6.4. Rodzaj Enterococcus 155

7.7. Ziarenkowce Gram-ujemne Monika Br zychczy-Włoch 156

7.7.1. Rodzaj Neisseria 156

7.8. Bakterie beztlenowe Anna Białecka 157

7.8.1. Beztlenowe pałeczki Gram-ujemne 157

7.8.2. Rodzaj Bacteroides 158

7.8.3. Rodzaj Prevotella 158

7.8.4. Rodzaj Fusobacterium 159

7.8.5. Rodzaj Porphyromonas 159

7.8.6. Beztlenowe ziarenkowce Gram-ujemne 160

7.8.7. Beztlenowe ziarenkowce Gram-dodatnie 160

7.9. Rodzaj Gardnerella, Lactobacillus, Bifidobacterium Magdalena Strus 163

7.9.1. Rodzaj Gardnerella 163

7.9.2. Rodzaj Lactobacillus 163

7.10. Promieniowce Dorota Romaniszyn 164

7.10.1. Rodzaj Actinomyces 164

7.9.3. Rodzaj Bifidobacterium 164

7.11. Prątki Ewa Augustynowicz-Kopeć, Anna Zabost 165

7.10.2. Rodzaj Nocardia 165

7.11.1. Rodzaj Mycobacterium 166

7.11.2. Mycobacterium leprae 169

7.12. Krętki Piotr Kochan 170

7.12.1. Rodzaj Borrelia 171

7.12.2. Rodzaj Leptospira 172

7.13. Mykoplazmy Małgorzata Biernat- Sudolska 173

7.13.1. Mykoplazmy płciowe 174

7.13.2. Mycoplasma pneumoniae 174

7.14. Chlamydie Barbara Zawilińska 175

7.14.1. Chlamydia trachomatis 176

7.14.2. Chlamydia pneumoniae 177

7.14.3. Chlamydia psittaci 177

7.15. Riketsje Barbara Zawilińska 178

7.15.1. Rodzina Rickettsiaceae 178

7.15.2. Rodzina Anaplasmataceae 179

7.15.3. Rodzina Coxiellaceae 179

8. WIRUSOLOGIA OGÓLNA Barbara Zawilińska 182

8.1. Charakterystyka, budowa i klasyfikacja wirusów 182

8.1.1. Definicje 182

8.1.2. Charakterystyka wirusów 182

8.1.3. Struktura wirusów 183

8.1.4. Wrażliwość na czynniki fizyczne i chemiczne 184

8.1.5. Klasyfikacja wirusów 185

8.2. Fazy replikacji wirusowej 187

8.3. Mechanizmy patogenezy zakażeń wirusowych 188

8.3.1. Relacje wirus–komórka 188

8.3.2. Relacje wirus–organizm 189

8.4. Epidemiologia zakażeń wirusowych 193

8.5. Podstawy diagnostyki wirusologicznej 195

8.5.1. Metody izolacji wirusów 196

8.5.2. Metody serologiczne 197

8.6. Leki przeciwwirusowe 198

8.5.3. Metody molekularne 198

9. WIRUSOLOGIA SZCZEGÓŁOWA 202

9.1. Wirusy DNA 202

9.1.1. Herpeswirusy Barbara Zawilińska 202

9.1.2. Adenowirusy Małgorzata Biernat- Sudolska 209

9.1.3. Parwowirusy Małgorzata Biernat- Sudolska 210

9.1.4. Pokswirusy Barbara Zawilińska 211

9.1.5. Poliomawirusy Sława Szostek 212

9.1.6. Papillomawirusy Sława Szostek 213

9.2. Wirusy RNA 214

9.2.1. Ortomyksowirusy Małgorzata Biernat- Sudolska 214

9.2.2. Paramyksowirusy i pneumowirusy Małgorzata Biernat- Sudolska 216

9.2.3. Koronawirusy Barbara Zawilińska 219

9.2.4. Pikornawirusy Sława Szostek 221

9.2.5. Togawirusy i wirus różyczki Barbara Zawilińska 224

9.2.6. Flawiwirusy Małgorzata Biernat- Sudolska 225

9.2.7. Rotawirusy, kaliciwirusy, astrowirusy Małgorzata Biernat- Sudolska 229

9.2.8. Rabdowirusy Małgorzata Biernat- Sudolska 231

9.2.9. Retrowirusy Barbara Zawilińska 232

9.2.10. Wirusy wywołujące zapalenie wątroby Marta Wróblewska 237

9.3. Wirusy gorączek krwotocznych Marta Wróblewska 244

10. PRIONY Marta Wróblewska 248

10.1. Wprowadzenie 248

10.2. Źródło i drogi zakażenia 248

10.3. Patogeneza i objawy kliniczne 249

10.4. Diagnostyka 250

10.5. Profilaktyka 251

11. MYKOLOGIA Magdalena Skóra, Paweł Krzyściak 252

11.1. Ogólna charakterystyka grzybów 252

11.1.1. Morfologia 252

11.1.2. Fizjologia 253

11.1.3. Występowanie 255

11.1.4. Klasyfikacja 256

11.2. Chorobotwórczość grzybów 257

11.2.1. Grzybice 257

11.3. Leki przeciwgrzybicze 265

11.4. Szczegółowa charakterystyka wybranych grzybów 267

11.4.1. Drożdże 267

11.4.2. Pleśnie 272

11.4.3. Dermatofity 274

11.4.4. Grzyby dymorficzne 275

12. PARAZYTOLOGIA 278

12.1. Podstawowe pojęcia z zakresu parazytologii Agata Pietrzyk 278

12.1.1. Rodzaje pasożytów i żywicieli 278

12.2. Epidemiologia i profilaktyka chorób pasożytniczych Piotr Kochan 279

12.1.2. Intensywność i ekstensywność zarażenia 279

12.3. Pierwotniaki 280

12.3.1. Giardia intestinalis Agata Pietrzyk 280

12.3.2. Entamoeba histolytica (pełzak czerwonki) Agata Pietrzyk 282

12.3.3. Balantidium coli (szparkosz okrężnicy) Agata Pietrzyk 283

12.3.4. Cryptosporidium spp. Agata Pietrzyk 284

12.3.5. Trichomonas vaginalis (rzęsistek pochwowy) Piotr Kochan 285

12.3.6. Rodzaj Plasmodium Dominika Salamon 286

12.3.7. Rodzaj Trypanosoma Dominika Salamon 289

12.3.8. Rodzaj Leishmania Dominika Salamon 289

12.3.9. Toxoplasma gondii Agata Pietrzyk 290

12.4. Robaki 292

12.4.1. Nicienie Agata Pietrzyk, Piotr Kochan, Dominika Salamon 292

12.4.2. Tasiemce Agata Pietrzyk, Piotr Kochan 300

12.4.3. Przywry Dominika Salamon 306

12.5. Ektopasożyty Dominika Salamon 308

13. DEZYNFEKCJA I STERYLIZACJA Anna Różańska 312

13.1. Metody dezynfekcji i ich zastosowanie 313

13.2. Charakterystyka substancji chemicznych wykorzystywanych w dezynfekcji w jednostkach opieki zdrowotnej 316

13.2.1. Alkohole 316

13.2.2. Nadtlenek wodoru 316

13.2.3. Aldehydy 317

13.2.4. Czwartorzędowe związki amoniowe 318

13.2.5. Fenol 318

13.2.6. Związki chloru 318

13.2.7. Kwas nadoctowy 319

13.2.8. Jodofory 319

13.2.9. Inne metody dezynfekcji 319

13.2.10. Metody sterylizacji i jej zastosowanie 320

13.2.11. Kontrola procesu sterylizacji 322

13.2.12. Organizacja procesów sterylizacji na terenie szpitala 323

14. ZAKAŻENIA ZWIĄZANE Z OPIEKĄ ZDROWOTNĄ 324

14.1. Wprowadzenie. Czynniki ryzyka zakażeń związanych z opieką zdrowotną Jadwiga Wójkowska-Mach 324

14.2. Higiena rąk Anna Różańska, Jadwiga Wójkowska-Mach 326

14.3. Izolacja pacjentów Jadwiga Wójkowska-Mach, Anna Różańska 330

14.4. Podstawy kontroli i nadzoru nad zakażeniami związanymi z opieką zdrowotną Jadwiga Wójkowska-Mach 333

14.5. Zakażenia związane z opieką zdrowotną w różnych populacjach pacjentów 335

14.5.1. Zakażenia związane ze stosowaniem procedur inwazyjnych Jadwiga Wójkowska-Mach 335

14.5.2. Zakażenia u pacjentów operowanych Jadwiga Wójkowska-Mach 339

14.5.3. Zakażenia w położnictwie Jadwiga Wójkowska-Mach 341

14.5.4. Zakażenie na oddziale geriatrycznym Barbara Gryglewska 342

14.6. Czynniki etiologiczne zakażeń związanych z opieką zdrowotną Dorota Romaniszyn 343

14.7. Wpływ środowiska szpitalnego na zakażenie związane z opieką zdrowotną Agnieszka Gniadek 345

15. NOWO POJAWIAJĄCE SIĘ I POWRACAJĄCE CHOROBY ZAKAŹNE. BIOTERRORYZM Dominika Salamon 348

15.1. Definicje 348

15.2. Nowo pojawiające się i powracające choroby zakaźne 349

15.3. Bioterroryzm 352

15.4. Wybrane czynniki sprawcze broni biologicznej 353

16. TABELE 356

16.1. Najważniejsze bakterie chorobotwórcze dla człowieka Artur Drzewiecki 357

16.2. Najważniejsze wirusy chorobotwórcze dla człowieka Barbara Zawilińska 362

16.3. Najważniejsze grzyby chorobotwórcze dla człowieka Magdalena Skóra 369

16.4. Najważniejsze pasożyty i parazytozy człowieka Agata Pietrzyk 371

SKOROWIDZ 376