"Mikrobiologia lekarska Tom 1"

Spis treści

1. Historia mikrobiologii – Marian BINEK 24

1.1. Mikrobiologia XIX i początku XX wieku zdominowana przez mikrobiologię medyczną 25

1.2. Dyscypliny towarzyszące mikrobiologii medycznej 30

1.2.1. Wakcynologia 31

1.2.2. Higiena i antyseptyka 33

1.2.3. Chemioterapia 34

1.3. Era genomiki i proteomiki 35

2.1. Podstawowe pojęcia i definicje 40

2. Wprowadzenie do epidemiologii chorób zakaźnych – Małgorzata BAŁA, Magdalena ROSIŃSKA 40

2.1.1. Proces epidemiczny 42

2.1.2. Główne drogi szerzenia się chorób zakaźnych 44

2.2. Szczepienia w zapobieganiu chorobom zakaźnym 45

2.3. Podstawowe miary i wskaźniki 46

2.3.1. Podstawowe wskaźniki epidemiologiczne 46

2.3.2. Miary związku 47

2.3.3. Wskaźniki obciążenia chorobą 47

2.4. Badania epidemiologiczne 48

2.4.1. Kryteria przyczynowości 48

2.4.2. Rodzaje badań 49

2.5. Nadzór epidemiologiczny 53

2.5.1. Typy nadzoru epidemiologicznego 54

2.5.2. Atrybuty i ewaluacja systemu nadzoru 55

2.6. Dochodzenie w ognisku epidemicznym 56

3. Dezynfekcja, sterylizacja i antyseptyka – Małgorzata FLEISCHER 60

3.1. Dezynfekcja 62

3.1.1. Zasady dezynfekcji 63

3.1.2. Mechanizm działania środków dezynfekcyjnych 64

3.1.3. Metody dezynfekcji 65

3.2. Sterylizacja 71

3.2.1. Zasady prawidłowej sterylizacji 72

3.2.2. Metody sterylizacji 73

3.2.3. Kontrola procesu sterylizacji 77

3.3. Dekontaminacja przy podejrzeniu skażenia prionami 79

3.4. Antyseptyka 80

3.4.1. Charakterystyka wybranych antyseptyków 81

4.1. Mechanizmy odporności człowieka 84

4. Immunoprofilaktyka zakażeń czynna i bierna – Marta CISZEK-LENDA 84

4.2. Rola odporności nieswoistej (wrodzonej) 86

4.3. Rola odporności swoistej (nabytej) 87

4.4. Immunoprofilaktyka czynna – szczepienia ochronne 89

4.4.1. Definicje szczepionki 89

4.4.2. Rola szczepień ochronnych 90

4.4.3. Wpływ szczepionek na układ immunologiczny 91

4.4.4. Rodzaje szczepionek 92

4.4.5. Skuteczność i bezpieczeństwo szczepień ochronnych 96

4.5. Szczepionki przeciwbakteryjne 99

4.6. Szczepionki przeciwwirusowe 99

4.7. Szczepionki przeciw pasożytom 101

4.8. Nowe kierunki badań nad szczepieniami 101

4.9. Szczepienia profilaktyczne zalecane podróżnym 102

4.10. Immunoprofilaktyka bierna 104

4.10.1. Immunoglobuliny ludzkie 104

4.10.2. Zastosowanie przeciwciał monoklonalnych 105

4.10.3. Surowice odpornościowe 106

5.1. Klasyfikacja bakterii – Artur DRZEWIECKI 108

5. Bakteriologia ogólna z patogenezą zakażeń bakteryjnych 108

5.2. Budowa i fizjologia bakterii – Artur DRZEWIECKI 110

5.2.1. Budowa komórki bakterii 111

5.2.2. Metabolizm bakterii 115

5.2.3. Wzrost bakterii 118

5.2.4. Biofilm 119

5.3. Genetyka bakterii – mechanizmy warunkujące zmienność genomów i proteomów bakteryjnych – Elżbieta Katarzyna JAGUSZTYN-KRYNICKA, Paweł ŁANIEWSKI 120

5.3.1. Genomy bakteryjne 120

5.3.2. Plastyczność genomów bakteryjnych 126

5.3.3. Zmienność proteomów bakteryjnych w odpowiedzi na czynniki środowiska 127

5.3.4. Fenotypowa różnorodność populacji bakteryjnych 133

5.4. Patogeneza zakażeń bakteryjnych – Barbara RÓŻALSKA, Beata SADOWSKA 138

5.4.1. Podstawowe mechanizmy patogenności bakterii 138

5.4.2. Unikanie działania mechanizmów obronnych gospodarza 147

5.5. Mikrobiom człowieka – Tomasz GOSIEWSKI 152

5.5.1. Nabywanie mikrobiomu 152

5.5.2. Skład mikrobiomu człowieka 153

5.5.3. Rola mikrobiomu w utrzymaniu homeostazy organizmu 155

5.5.4. Badanie mikrobiomu 157

6.1. Ziarenkowce Gram-dodatnie – Monika BRZYCHCZY-WŁOCH 160

6.1.1. Rodzaj Staphylococcus 160

6. Bakteriologia szczegółowa 160

6.1.2. Rodzaj Streptococcus 172

6.1.3. Rodzaj Enterococcus 183

6.2. Ziarenkowce Gram-ujemne – Artur DRZEWIECKI 185

6.2.1. Rodzaj Neisseria 185

6.2.2. Rodzaj Moraxella 191

6.2.3. Bakterie z grupy HACEK 191

6.3. Laseczki Gram-dodatnie niewytwarzające spor – Gajane MARTIROSIAN 192

6.3.1. Rodzaj Corynebacterium 192

6.3.2. Rodzaj Listeria 196

6.3.3. Rodzaj Erysipelothrix 200

6.4. Laseczki Gram-dodatnie wytwarzające spory – Gajane MARTIROSIAN 201

6.4.1. Rodzaj Bacillus 202

6.4.2. Rodzaj Clostridium 206

6.5. Pałeczki Gram-ujemne z rodziny Enterobacteriaceae, Yersiniaceae, Morganellaceae, Vibrionaceae, Aeromonadaceae – Hanna STYPUŁKOWSKA-MISIUREWICZ 216

6.5.1. Rodzaj Escherichia 221

6.5.2. Rodzaj Salmonella 224

6.5.3. Rodzaj Shigella 229

6.5.4. Inne rodzaje należące do rzędu Enterobacterales 231

6.5.5. Rodzaj Yersinia 232

6.5.6. Rodzaj Plesiomonas 234

6.5.7. Rodzaj Vibrio 235

6.5.8. Rodzaj Aeromonas 241

6.6. Pałeczki Gram-ujemne niefermentujące glukozy – Pseudomonas, Acinetobacter, Stenotrophomonas, Burkholderia – Eugenia GOSPODAREK-KOMKOWSKA 243

6.6.1. Rodzaj Pseudomonas 244

6.6.2. Rodzaj Acinetobacter 248

6.6.3. Rodzaj Stenotrophomonas 255

6.6.4. Rodzaj Burkholderia 259

6.7. Pałeczki Gram-ujemne mające szczególne wymagania wzrostowe: Bordetella, Haemophilus, Pasteurella, Francisella, Bartonella, Brucella, Campylobacter, Helicobacter, Legionella – Hanna STYPUŁKOWSKA-MISIUREWICZ 263

6.7.1. Rodzaj Bordetella 264

6.7.2. Rodzaj Haemophilus 266

6.7.3. Rodzaj Pasteurella 268

6.7.4. Rodzaj Francisella 269

6.7.5. Rodzaj Bartonella 270

6.7.6. Rodzaj Brucella 271

6.7.7. Rodzaj Campylobacter 273

6.7.8. Rodzaj Helicobacter 274

6.7.9. Rodzaj Legionella 276

6.8. Bakterie beztlenowe niewytwarzające spor – Gajane MARTIROSIAN 279

6.8.1. Rodzaj Bacteroides 279

6.8.2. Rodzaj Prevotella 281

6.8.3. Rodzaj Porphyromonas 282

6.8.4. Rodzaj Fusobacterium 282

6.8.5. Rodzaj Veillonella 284

6.8.6. Rodzaje Peptococcus i Peptostreptococcus 285

6.8.7. Rodzaj Cutibacterium (Propionibacterium) 286

6.8.8. Rodzaj Lactobacillus 288

6.8.10. Rodzaj Bifidobacterium 290

6.8.9. Rodzaj Eubacterium 290

6.8.11. Rodzaj Gardnerella 291

6.8.12. Rodzaj Mobiluncus 293

6.9. Prątki z rodzaju Mycobacterium – Ewa AUGUSTYNOWICZ-KOPEĆ, Anna ZABOST 294

6.9.1. Prątki gruźlicze i gruźlica 296

6.9.2. Prątki MOTT i mykobakteriozy 302

6.9.3. Diagnostyka mikrobiologiczna w zakażeniach prątkami gruźliczymi i niegruźliczymi 303

6.9.4. Prątek trądu (Mycobacterium leprae) 311

6.10. Krętki – Marian BINEK 313

6.10.1. Rodzaj Borrelia 314

6.10.2. Rodzaj Treponema 321

6.10.3. Rodzaj Leptospira 330

6.10.4. Rodzaj Brachyspira 336

6.11. Promieniowce i pokrewne bakterie – Marian BINEK 338

6.11.1. Rodzaj Actinomyces 340

6.11.2. Rodzaj Nocardia 343

6.11.3. Rodzaj Rhodococcus 348

6.11.4. Inne pokrewne bakterie 350

6.12. Chlamydie – Barbara ZAWILIŃSKA 352

6.12.1. Chlamydia trachomatis 354

6.12.2. Chlamydia pneumoniae 357

6.12.3. Zoonozy wywołane przez inne gatunki chlamydii 359

6.12.4. Wykrywanie i leczenie zakażeń chlamydiowych – możliwości profilaktyki 359

6.13. Mykoplazmy – Barbara ZAWILIŃSKA 360

6.13.1. Mycoplasma pneumoniae 362

6.13.2. Mykoplazmowe zakażenia układu moczowo-płciowego 363

6.14. Inne bakterie – Rickettsiaceae, Anaplasmataceae i Coxiellaceae – Barbara ZAWILIŃSKA 366

7.1. Struktura i klasyfikacja wirusów 376

7.1.1. Struktura wirusów 376

7. Wirusologia ogólna – Marta WRÓBLEWSKA 376

7.1.2. Klasyfikacja wirusów 380

7.2. Cykl replikacyjny wirusów 383

7.2.1. Przyleganie wirusa do komórki (adsorpcja) 384

7.2.2. Wnikanie wirusa do komórki (penetracja) 385

7.2.3. Odpłaszczenie kwasu nukleinowego wirusa 387

7.2.4. Synteza białek wczesnych 387

7.2.5. Replikacja genomu i synteza białek strukturalnych wirusa (eklipsa) 387

7.2.6. Składanie i dojrzewanie potomnych wirionów (morfogeneza) 388

7.2.7. Uwolnienie potomnych wirionów z komórki 388

7.2.8. Cykl replikacyjny poszczególnych grup wirusów 390

7.3. Genetyka wirusów 396

7.3.1. Zmienność genetyczna wirusów 396

7.3.2. Oddziaływanie wirusów w zakażeniach mieszanych 398

7.3.3. Wirusy jako wektory 399

7.4. Patogeneza zakażeń wirusowych 399

7.4.1. Zakażenia miejscowe i uogólnione 400

7.4.2. Relacje wirus – komórka gospodarza 402

7.4.3. Relacje wirus – organizm gospodarza 406

7.4.4. Zakażenia latentne 408

7.5. Odporność gospodarza na zakażenia wirusowe 409

7.5.1. Mechanizmy immunologiczne w zakażeniach wirusowych 409

7.5.2. Czynniki warunkujące odporność gospodarza na zakażenia wirusowe 413

7.5.3. Rola układu odpornościowego w patogenezie zakażeń wirusowych 414

7.5.4. Mechanizmy unikania przez wirusy odpowiedzi immunologicznej gospodarza 415

7.6. Wirusy a onkogeneza 417

7.6.1. Patogeneza nowotworów o etiologii wirusowej 418

7.6.2. Onkogenne wirusy RNA 419

7.6.3. Onkogenne wirusy DNA 420

7.7. Epidemiologia zakażeń wirusowych 420

7.7.1. Definicje i wskaźniki epidemiologiczne 421

7.7.2. Czynniki wpływające na epidemiologię chorób wirusowych 423

7.7.3. Drogi szerzenia się zakażeń wirusowych 424

7.7.4. Zakażenia wirusowe u podróżnych 425

7.7.5. Nowe i nawracające zakażenia wirusowe 426

7.8. Zapobieganie zakażeniom wirusowym 427

7.8.1. Zasady kontroli zakażeń wirusowych 427

7.8.2. Szczepionki 427

7.8.3. Surowice odpornościowe 429

7.9. Zastosowanie wirusów w terapii genowej chorób niezakaźnych 430

8.1. Herpeswirusy – Magdalena KOSZ-VNENCHAK, Sława SZOSTEK 432

8. Wirusologia szczegółowa 432

8.1.1. Wirusy opryszczki zwykłej 433

8.1.2. Wirus ospy wietrznej i półpaśca 438

8.1.3. Wirus cytomegalii 441

8.1.4. Wirus Epsteina-Barr 445

8.1.5. Ludzkie herpeswirusy 6A i 6B 448

8.1.6. Ludzki herpeswirus 7 450

8.1.7. Ludzki herpeswirus 8 451

8.2. Adenowirusy – Tomasz DZIECIĄTKOWSKI 452

8.3. Pokswirusy – Maciej PRZYBYLSKI 459

8.3.1. Budowa i właściwości 459

8.3.2. Rodzaj Orthopoxvirus 461

8.3.3. Wirus mięczaka zakaźnego 467

8.4. Parwowirusy – Tomasz DZIECIĄTKOWSKI 468

8.4.1. Inne parwowirusy zakażające ludzi 474

8.5. Poliomawirusy – Tomasz DZIECIĄTKOWSKI 475

8.6. Papilomawirusy – Tomasz DZIECIĄTKOWSKI 480

8.7. Ortomyksowirusy – Maciej PRZYBYLSKI 486

8.8. Pikornawirusy – Maciej PRZYBYLSKI 496

8.8.1. Rodzaj Enterovirus 498

8.8.2. Poliowirusy 502

8.8.3. Enterowirusy niepoliomielityczne 502

8.8.4. Rinowirusy 507

8.8.5. Parechowirusy 509

8.8.6. Rodzaj Hepatovirus 511

8.8.7. Inne pikornawirusy 511

8.9. Paramyksowirusy – Maciej PRZYBYLSKI 512

8.9.1. Wirus odry 515

8.9.2. Wirus świnki (wirus nagminnego zapalenia przyusznic) 520

8.9.3. Wirusy parainfluenzy 525

8.10. Pneumowirusy – Maciej PRZYBYLSKI 528

8.10.1. Syncytialny wirus oddechowy 528

8.10.2. Ludzki metapneumowirus 532

8.11. Koronawirusy – Marta WRÓBLEWSKA 533

8.11.1. Ludzkie koronawirusy 534

8.11.2. Koronawirus ciężkiego ostrego zespołu oddechowego (SARS-CoV, SARS-CoV-1) 537

8.11.3. Koronawirus bliskowschodniego zespołu niewydolności oddechowej 539

8.11.4. Koronawirus wywołujący COVID-19 (SARS-CoV-2) 542

8.11.5. Ludzkie torowirusy (HToV) 547

8.12. Astrowirusy – Marta WRÓBLEWSKA 547

8.13. Kaliciwirusy – Marta WRÓBLEWSKA 551

8.13.1. Norowirusy 552

8.13.2. Sapowirusy 555

8.13.3. Inne kaliciwirusy 555

8.14. Reowirusy – Marta WRÓBLEWSKA 557

8.14.1. Rodzaj Rotavirus 558

8.14.2. Rodzaj Coltivirus 562

8.14.3. Rodzaje Orbivirus, Seadornavirus i Orthoreovirus 563

8.15. Togawirusy – Marta WRÓBLEWSKA 564

8.15.1. Wirusy końskiego zapalenia mózgu 565

8.15.2. Kompleks serologiczny wirusa gorączki lasu Semliki 566

8.15.3. Wirus Sindbis 571

8.16. Wirus różyczki – Marta WRÓBLEWSKA 572

8.17. Flawiwirusy – Marta WRÓBLEWSKA 578

8.17.1. Wirus żółtej gorączki 578

8.17.2. Wirus dengi 580

8.17.3. Kompleks serologiczny wirusa japońskiego zapalenia mózgu 582

8.17.4. Kompleks serologiczny wirusa kleszczowego zapalenia mózgu 584

8.17.5. Wirus Zika 586

8.17.6. Inne flawiwirusy 587

8.18. Filowirusy – Marta WRÓBLEWSKA 588

8.18.1. Rodzaje Ebolavirus i Marburgvirus 590

8.18.2. Rodzaj Cuevavirus 595

8.19. Rabdowirusy – Marta WRÓBLEWSKA 595

8.19.1. Wirus wścieklizny 596

8.19.2. Wirus pęcherzykowego zapalenia jamy ustnej 600

8.20. Rząd Bunyavirales – Marta WRÓBLEWSKA 601

8.20.1. Rodzina Nairoviridae 603

8.20.2. Rodzina Phenuiviridae 606

8.20.3. Rodzin Hantaviridae 609

8.20.4. Rodzina Peribunyaviridae 610

8.21. Arenawirusy – Marta WRÓBLEWSKA 611

8.21.1. Wirus Lassa 614

8.21.2. Wirus limfocytarnego zapalenia splotu naczyniówkowego i opon mózgowo-rdzeniowych 617

8.21.3. Wirusy południowoamerykańskich gorączek krwotocznych 619

8.21.4. Inne arenawirusy patogenne dla ludzi 621

8.22. Retrowirusy – Marta WRÓBLEWSKA 622

8.22.1. Rodzaj Deltaretrovirus 623

8.22.2. Rodzaj Lentivirus 625

8.22.3. Inne retrowirusy 637

8.23. Wirusy zapalenia wątroby – Marta WRÓBLEWSKA 638

8.23.1. Wirus zapalenia wątroby typu A 639

8.23.2. Wirus zapalenia wątroby typu B 643

8.23.3. Wirus zapalenia wątroby typu C 652

8.23.4. Wirus zapalenia wątroby typu D 659

8.23.5. Wirus zapalenia wątroby typu E 663

8.23.6. Inne wirusy zapalenia wątroby 666

8.24. Priony – Marta WRÓBLEWSKA 670

8.24.1. Replikacja prionów, patogeneza zakażeń i postacie kliniczne chorób prionowych 672

Piśmiennictwo 680

Skorowidz – tom 1 686