"Mikrobiologia lekarska Tom 2"

Spis treści

9.1. Morfologia, metabolizm i rozmnażanie się grzybów 22

9. Mykologia ogólna – Paweł KRZYŚCIAK, Anna B. MACURA 22

9.2. Klasyfikacja i taksonomia grzybów 28

9.3. Rodzaje zakażeń grzybiczych człowieka 30

9.4. Patogeneza zakażeń grzybiczych 31

9.4.1. Zakażenia powierzchniowe błon śluzowych (drożdżyce) 33

9.4.2. Zakażenia powierzchowne skóry dermatofitami (dermatofitoza) 34

9.4.3. Zakażenia powierzchowne skóry – Malassezia 35

9.4.4. Zakażenia podskórne (sporotrychoza, eumycetoma) 36

9.4.5. Grzybice głębokie 38

9.5. Mykotoksyny i mykotoksykozy 44

9.6. Grzyby jako alergeny 48

10.1. Grzyby drożdżopodobne z typu Ascomycota – Paweł KRZYŚCIAK, Anna B. MACURA 52

10.1.1. Rodzaj Candida 52

10. Mykologia szczegółowa 52

10.1.2. Rodzaj Pichia 58

10.1.3. Rodzaj Clavispora 59

10.1.4. Rodzaj Dipodascus 60

10.1.5. Rodzaj Magnusiomyces 62

10.1.6. Rodzaj Meyerozyma 64

10.1.7. Rodzaj Saccharomyces 65

10.1.8. Rodzaj Pneumocystis 66

10.2. Grzyby drożdżopodobne z typu Basidiomycota – Paweł KRZYŚCIAK, Anna B. MACURA 68

10.2.1. Rodzaj Cryptococcus 68

10.2.2. Rodzaj Malassezia 71

10.2.3. Rodzaj Cutaneotrichosporon 73

10.2.4. Rodzaj Trichosporon 75

10.3. Grzyby strzępkowe z typu Mucoromycota – Magdalena SKÓRA, Anna B. MACURA 76

10.3.1. Rodzaj Rhizopus 79

10.3.2. Rodzaj Mucor 80

10.3.3. Rodzaj Lichtheimia 81

10.3.4. Inne rodzaje (Saksenaea, Syncephalastrum, Cunninghamella) 82

10.4. Grzyby strzępkowe z typu Ascomycota – Magdalena SKÓRA, Anna B. MACURA 83

10.4.1. Rodzina Arthrodermataceae (dermatofity) 84

10.4.2. Rodzaj Aspergillus 92

10.4.3. Rząd Hypocreales 98

10.4.4. Rząd Microascales 102

10.4.5. Grzyby ciemnopigmentowe 106

10.4.6. Grzyby dimorficzne 111

11.1. Wprowadzenie do parazytologii. Podstawowe pojęcia z zakresu parazytologii – Agata PIETRZYK 120

11.1.1. Pasożytnictwo, pasożyt i choroba pasożytnicza 120

11. Parazytologia ogólna 120

11.1.2. Rodzaje żywicieli (gospodarzy) pasożytów 122

11.1.3. Cykle rozwojowe, intensywność i ekstensywność zarażenia 123

11.2. Nazewnictwo, klasyfikacja i cechy pasożytów człowieka – Agata PIETRZYK 123

11.2.1. Nazewnictwo i klasyfikacja pasożytów człowieka 123

11.2.2. Cechy pierwotniaków 125

11.2.3. Cechy przywr 127

11.2.4. Cechy tasiemców 128

11.2.5. Cechy nicieni 130

11.3. Patomechanizmy chorób pasożytniczych – Dominika SALAMON 132

11.3.1. Układ pasożyt–żywiciel – wprowadzenie 132

11.3.2. Patogenne oddziaływanie pasożyta na żywiciela 132

11.3.3. Reakcje żywiciela na obecność pasożyta 134

11.3.4. Metody unikania przez pasożyta reakcji obronnych żywiciela 134

11.4. Epidemiologia oraz profilaktyka parazytoz – Dominika SALAMON 135

11.4.1. Źródła inwazji pasożytniczych 136

11.4.2. Drogi zarażenia 136

11.4.3. Zapobieganie chorobom pasożytniczym 137

12.1. Pierwotniaki 140

12.1.1. Giardia duodenalis – Agata PIETRZYK 140

12. Parazytologia szczegółowa 140

12.1.2. Trichomonas vaginalis – Agata PIETRZYK 146

12.1.3. Leishmania spp. – Agata PIETRZYK 151

12.1.4. Trypanosoma brucei – Agata PIETRZYK 158

12.1.5. Trypanosoma cruzi – Agata PIETRZYK 164

12.1.6. Entamoeba histolytica i pełzaki niechorobotwórcze – Małgorzata PAUL 170

12.1.7. Inne pełzaki przewodu pokarmowego – Małgorzata PAUL 174

12.1.8. Pełzaki wolno żyjące – Małgorzata PAUL 178

12.1.9. Toxoplasma gondii – Małgorzata PAUL 179

12.1.10. Cryptosporidium spp. – Małgorzata PAUL 185

12.1.11. Kokcydia chorobotwórcze dla człowieka – Małgorzata PAUL 187

12.1.12. Plasmodium spp. – Małgorzata PAUL 189

12.1.13. Babesia spp. – Małgorzata PAUL 194

12.1.14. Balantidium coli – Małgorzata PAUL 195

12.1.15. Microsporidia – Małgorzata PAUL 197

12.2. Robaki 198

12.2.1. Przywry – Małgorzata PAUL 198

12.2.2. Tasiemce – Agata PIETRZYK, Dominika SALAMON 209

12.2.3. Nicienie przewodu pokarmowego – Agata PIETRZYK, Piotr KOCHAN 228

12.2.4. Nicienie tkanek oraz krwi i limfy – Małgorzata PAUL 245

12.2.5. Stawonogi – Dominika SALAMON 262

13.1. Zasady racjonalnej chemioterapii – Artur DRZEWIECKI 276

13. Leki przeciwdrobnoustrojowe i antybiotykoterapia chorób zakaźnych 276

13.1.1. Farmakokinetyka 277

13.1.2. Farmakodynamika 278

13.1.3. Oporność bakterii i grzybów 281

13.1.4. Skojarzenia antybiotyków 282

13.1.5. Rodzaje farmakoterapii zakażeń 282

13.2. Leki przeciwbakteryjne – Katarzyna DZIERŻANOWSKA-FANGRAT 284

13.2.1. Antybiotyki β-laktamowe 287

13.2.2. Penicyliny 288

13.2.3. Cefalosporyny 292

13.2.4. Karbapenemy 295

13.2.5. Monobaktamy 296

13.2.6. Aminoglikozydy 297

13.2.7. Tetracykliny ich pochodne 297

13.2.8. Chloramfenikol 298

13.2.9. Antybiotyki peptydowe (glikopeptydy, lipopeptydy, lipoglikopeptydy, polipeptydy) 299

13.2.10. Chinolony i fluorochinolony 301

13.2.11. Makrolidy i linkozamidy 302

13.2.12. Sulfonamidy 303

13.2.13. Oksazolidynony 303

13.2.14. Ansamycyny (ryfamycyny) 304

13.2.15. Fosfomycyna 304

13.2.16. Nitrofurany 304

13.2.17. Nitroimidazole 305

13.3. Leki przeciwwirusowe – Marta WRÓBLEWSKA 305

13.3.1. Interferony 305

13.3.2. Rybawiryna 308

13.3.3. Leki przeciw wirusom grypy 309

13.3.4. Leki przeciw herpeswirusom 311

13.3.5. Leki przeciwretrowirusowe 314

13.3.6. Leki stosowane w leczeniu zakażeń HBV 317

13.3.7. Leki stosowane w leczeniu zakażeń HCV 318

13.3.8. Leki stosowane w leczeniu zakażeń SARS-CoV-2 319

13.3.9. Inne leki przeciwwirusowe 319

13.3.10. Przeciwwirusowe surowice odpornościowe 320

13.3.11. Przeciwwirusowe przeciwciała monoklonalne 321

13.4. Leki przeciwgrzybicze – Katarzyna DZIERŻANOWSKA-FANGRAT 323

13.4.1. Polieny 323

13.4.2. Antymetabolity 324

13.4.3. Azole 325

13.4.4. Echinokandyny 327

14.1. Podstawowe pojęcia i definicje – Jadwiga WÓJKOWSKA-MACH 328

14. Zakażenia związane z opieką zdrowotną 328

14.2. Szczegółowe definicje i kryteria rozpoznania przypadków zakażenia szpitalnego – Jadwiga WÓJKOWSKA-MACH, Anna RÓŻAŃSKA 330

14.2.1. Zakażenie krwi 332

14.2.2. Zapalenie płuc 333

14.2.3. Zakażenie układu moczowego 335

14.2.4. Zakażenia miejsca operowanego 336

14.2.5. Zakażenie układu pokarmowego powodowane przez Clostridioides difficile 337

14.3. Epidemiologia zakażeń szpitalnych – Jadwiga WÓJKOWSKA-MACH 338

14.4. Kontrola zakażeń – Jadwiga WÓJKOWSKA-MACH 344

14.5. Profilaktyka zakażeń – Jadwiga WÓJKOWSKA-MACH 349

14.5.1. Zapobieganie zakażeniom miejsca operowanego 350

14.5.2. Zakażenia związane ze stosowaniem procedur inwazyjnych 352

14.6. Procedury dotyczące przerywania dróg transmisji drobnoustrojów – Anna RÓŻAŃSKA, Jadwiga WÓJKOWSKA-MACH 355

14.7. Nadzór mikrobiologiczny zakażeń związanych z opieką zdrowotną. Drobnoustroje o zwiększonym potencjale epidemicznym. Nadzór nad lekoopornością drobnoustrojów – Dorota ROMANISZYN, Jadwiga WÓJKOWSKA-MACH 363

14.7.1. Lekooporność drobnoustrojowa 365

14.7.2. Nadzór nad lekoopornością drobnoustrojów 367

14.8. Typowanie molekularne – Agnieszka CHMIELARCZYK 368

14.8.1. Analiza restrykcyjna chromosomalnego DNA połączona z elektroforezą pulsową – RAE-PFGE (restriction enzyme analysis – pulsed-field gel electrophoresis) 369

14.8.2. Metody oparte na technice PCR (wykorzystujące amplifikację DNA) 370

14.8.3. Metody oparte na sekwencjonowaniu – analiza sekwencji MLST 371

14.8.4. Sekwencjonowanie całego genomu (whole genome sequencing, WGS) 371

15.1. Historia broni biologicznej – Janusz KOCIK, Marcin NIEMCEWICZ, Anna BIELECKA-ODER 374

15. Bioterroryzm 374

15.2. Podział czynników broni biologicznej – Janusz KOCIK, Marcin NIEMCEWICZ, Anna BIELECKA-ODER 378

15.3. Międzynarodowe porozumienia nieproliferacyjne i rozbrojeniowe dotyczące broni biologicznej oraz toksynowej – Anna BIELECKA-ODER 380

16.1. Diagnostyka zakażeń bakteryjnych – Małgorzata BULANDA 386

16. Diagnostyka mikrobiologiczna 386

16.1.1. Pobieranie i przesyłanie materiałów do badań bakteriologicznych – etap przedlaboratoryjny 387

16.1.2. Szczegółowe zasady – poszczególne materiały biologiczne 388

16.1.3. Etap laboratoryjny 395

16.1.4. Etap polaboratoryjny 399

16.2. Diagnostyka zakażeń wirusowych – Maciej PRZYBYLSKI, Tomasz DZIECIĄTKOWSKI 399

16.2.1. Pobieranie i przesyłanie materiałów do badań wirusologicznych 403

16.2.2. Izolacja wirusów w hodowlach komórkowych 405

16.2.3. Wykrywanie antygenów wirusowych 407

16.2.4. Mikroskopia elektronowa 411

16.2.5. Metody molekularne 411

16.2.6. Wykrywanie przeciwciał 419

16.3. Diagnostyka zakażeń grzybiczych – Anna B. MACURA, Magdalena SKÓRA 430

16.3.1. Pobieranie i przesyłanie materiałów do badań mykologicznych 431

16.3.2. Metody mikroskopowe i hodowlane 432

16.3.3. Metody immunologiczne 438

16.3.4. Metody molekularne 439

16.3.5. Metoda MALDI-TOF MS 440

16.3.6. Interpretacja wyniku badania mykologicznego 440

16.4. Diagnostyka parazytologiczna – Małgorzata PAUL 441

16.4.1. Pobieranie i przesyłanie materiałów do badań parazytologicznych 441

16.4.2. Diagnostyka pasożytów przewodu pokarmowego 444

16.4.3. Diagnostyka pasożytów krwi i tkanek 446

16.4.4. Metody biologii molekularnej w diagnostyce parazytologicznej 448

17.1. Zakażenia układu oddechowego – Stefania GIEDRYS-KALEMBA 452

17. Zakażenia układowe i narządowe 452

17.1.1. Zakażenia górnych dróg oddechowych 454

17.1.2. Zakażenia dolnych dróg oddechowych 455

17.2. Zapalenie ucha – Stefania GIEDRYS-KALEMBA 461

17.3. Zakażenia żołądka i jelit oraz zatrucia pokarmowe – Hanna STYPUŁKOWSKA-MISIUREWICZ 462

17.4. Zakażenia narządów płciowych i układu moczowego – Magdalena STRUS 470

17.4.1. Prawidłowa mikrobiota pochwy 470

17.4.2. Waginoza bakteryjna 471

17.4.3. Tlenowe zapalenie pochwy 473

17.4.4. Zakażenia układu moczowego 474

17.5. Choroby przenoszone drogą płciową – Piotr KOCHAN 475

17.6. Zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych i inne infekcje ośrodkowego układu nerwowego – Piotr KOCHAN 480

17.6.1. Czynniki predysponujące do infekcji OUN 482

17.6.2. Czynniki etiologiczne zakażeń i zarażeń OUN 482

17.6.3. Epidemiologia infekcji OUN 483

17.6.4. Zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych 483

17.6.5. Diagnostyka zakażeń OUN 485

17.6.6. Leczenie zakażeń OUN 486

17.6.7. Profilaktyka zakażeń OUN 490

17.7. Zapalenie wsierdzia – Artur DRZEWIECKI 491

17.8. Bakteryjne zakażenie skóry i tkanek miękkich – Małgorzata BULANDA 493

17.8.1. Formy kliniczne zakażeń w zależności od czynnika etiologicznego 494

17.8.2. Diagnostyka bakteryjnych zakażeń skóry i tkanek miękkich 496

17.8.3. Leczenie bakteryjnych zakażeń skóry i tkanek miękkich 496

17.9. Bakteryjne zakażenia kości i stawów – Małgorzata BULANDA 497

17.9.1. Zakażenia kości 497

17.9.2. Zakażenia stawów 499

17.9.3. Zakażenia narządu ruchu związane z obecnością ciał obcych 500

17.10. Zakażenia narządu wzroku – Małgorzata BULANDA 501

17.10.1. Postacie kliniczne zakażeń 501

17.10.2. Diagnostyka zakażeń narządu wzroku 504

17.10.3. Leczenie i profilaktyka zakażeń narządu wzroku 504

17.11. Sepsa – Anna PRZONDO-MORDARSKA 506

17.11.1. Epidemiologia 506

17.11.2. Definicja sepsy 507

17.11.3. Etiologia sepsy 507

17.11.4. Etiopatogeneza sepsy 510

17.11.5. Obraz kliniczny i rozpoznanie sepsy 514

17.11.6. Diagnostyka laboratoryjna w sepsie 516

17.11.7. Leczenie sepsy 520

17.12. Inwazyjne zakażenia grzybicze – Katarzyna DZIERŻANOWSKA-FANGRAT 522

17.12.1. Zakażenia grzybami drożdżopodobnymi 524

17.12.2. Zakażenia grzybami pleśniowymi z rodzaju Aspergillus 528

17.12.3. Inne inwazyjne zakażenia grzybicze wywoływane przez grzyby pleśniowe 530

17.13. Zakażenia wrodzone i zakażenia w ciąży – Piotr B. HECZKO, Magdalena STRUS, Edyta GOLIŃSKA 532

17.13.1. Zakażenia wrodzone 533

17.13.2. Badania przesiewowe w celu wykrycia zagrożenia zakażeniami wrodzonymi 536

17.13.3. Zakażenia noworodków 537

17.13.4. Zakażenia kobiet w ciąży i w połogu 539

17.14. Infekcje u chorych z obniżoną odpornością – Barbara ZAWILIŃSKA 541

17.14.1. Pierwotne i wtórne niedobory odporności 542

17.14.2. Infekcje u pacjentów po przeszczepie narządów miąższowych i szpiku kostnego 544

Piśmiennictwo 550

Skorowidz – tom 2 554