Treść książki

Przejdź do opcji czytnikaPrzejdź do nawigacjiPrzejdź do informacjiPrzejdź do stopki
34
II.Podstawygenetykiigenomiki
przedmiotbadańcytogenetycznychwdiagnostyce
zespołówogenetycznieuwarunkowanejniestabil-
nościchromosomów.
Wokreślonychprzypadkachumożliwiaróżni-
cowaniesekwencjiprawidłowychodzmienionych
naskutekmutacji.
Dużazmiennośćliczbypowtarzającychsięmo-
tywówpowoduje,żeminisatelityimikrosatelity
doskonałymimarkeramigenetycznymi.Dużalicz-
baalleliwystępującychwdanymlocuspredyspo-
Wzajemnewystępowaniewykluczającychsięform
nujetentyppolimorfizmudoanalizysposobudzie-
strukturalnychjednegolubkilkuchromosomów
dziczeniasiębadanychgenów.
jestokreślanejakopolimorfizmchromosomów.
Napoziomiegenuzmianamipolimorficznymi
Największenadziejewpraktycznymwykorzys-
określasięjednoczesnewystępowaniewpopulacji
taniumarkerówpolimorficznychwiążesięzana-
różnychformallelicznychdanegogenotypu.
liząSNP.Powodemtegojestliczbamiejsczmien-
Wprzypadkachwątpliwychjakokryteriumodróż-
nychwcałymgenomie,aniejakwprzypadkumini-
niającezmianępolimorficznąodmutacjiprzyjmu-
czymikrosatelitówliczbaalleliwdanymlocus.
jesięczęstośćichwystępowania.Jeżeliwpopulacji
Najczęściejspotykanyjestpolimorfizmdwualleli-
określonazmianasekwencjinukleotydów(wariant
czny,rzadkotrójalleliczny,natomiastprawdopo-
alleliczny)występujeczęściejniżw1%,touważa
dobieństwowystąpieniaczwartegoalleluwdanym
sięzazmianępolimorficzną.Polimorfizmmoże
locusjestbliskiezera.Szacujesię,żewgenomie
dotyczyćpojedynczegonukleotydu,powtarzające-
człowiekajestokoło3milionymarkerówtypu
gosięmotywusekwencji,atakżeliczbykopiifrag-
SNP,costanowiokoło90%wszystkichróżnic
mentuDNA.
wsekwencji.Oceniasię,żetentyppolimorfizmu
Polimorfizmpojedynczegonukleotyduwsek-
DNAjestmutacyjniestabilniejszyniżpolimorfizm
wencjiDNAokreślasięjakoSNP(ang.single-nu-
sekwencjisatelitarnych.ŚrednioSNPwystępuje1
cleotidepolymorphism).SNPnajprościejwykrywa
na300–1000pz.GęstośćinasycenieSNPnie
się,sekwencjonującDNA.Możebyćidentyfikowany
jednakidentycznedlacałegogenomu.Obszarem,
równieżzwykorzystaniemtechnikprzesiewowych,
gdzieobserwujesięnajwiększezagęszczenie,jest
takichjakSSCP(ang.single-strandconformation
locusHLAnachromosomie6.Zdrugiejstronyna
polymorphism),DGGE(ang.denaturinggradient
chromosomieXzidentyfikowano„pustynieSNP”,
gelelectrophoresis)czyHRM(ang.highresolu-
tj.fragmenty,zktórychnajwiększymiałokoło1,7
tionmelt).Wszczególnychprzypadkach,gdySNP
Mpz,gdzieniewykrytożadnegoSNP.Założeniem
zlokalizowanyjestwsekwencjachrozpoznawanych
wykorzystaniaanalizySNPwbadaniachjestrów-
przezenzymyrestrykcyjne,enzymytemogązostać
noczesnaidentyfikacjawielutychmarkerówwdu-
zastosowanewjegowykrywaniu.Takityppolimor-
żychczęściachlubwręczwcałymgenomie,co
fizmujestokreślanyjakozmiennośćdługościfrag-
umożliwiatechnologiaopartanamikromacierzach
mentówrestrykcyjnych,RFLP3(ang.restriction
DNA.Planujesięnaprzykładwykorzystanietypo-
fragmentlengthpolymorphism).Polimorfizm
waniaSNPwprognozowaniuwystąpieniakom-
sekwencjiminisatelitarnychoznaczasięskrótem
pleksowychchoróbcywilizacyjnych,takichjakast-
VNTR(ang.variablenumberoftandemrepeats),
ma,cukrzyca,migrenaczychorobyserca.Zmiany
asekwencjimikrosatelitarnychSSLPlubSTRP
genetyczne,wtymzmianyprowadzącedowystępo-
(ang.singlesequencelengthpolymorphismlub
waniachorób,zachodząwokreślonym„tlegene-
shorttandemrepeatpolymorphism).
tycznym”.Jakwspomniano,analizaSNPumożli-
Polimorfizmywszystkichtypówwykorzysty-
wiaopisanietego„tła”.Diagnostykamolekularna
wanejakofizycznemarkerygenetyczne.Wgeno-
będziewtakichprzypadkachpolegaćnaokreśle-
mieczłowiekanajmniejsząrozdzielczościącharak-
niuosobistego,indywidualnegodlabadanejosoby,
teryzujesięRFLP.Wynikatozestosunkowo
wzoruSNPiporównaniugozeznanymwzorem
niewielkiejliczbymiejscrozpoznawanychwcząs-
SNPcharakterystycznymdladanejchoroby.Sze-
teczceludzkiegoDNAprzezenzymyrestrykcyjne.
regtegotypuinformacjiprzynosząbadaniapo-
Polimorfizmtenjestdwualleliczny.AnalizaRFLP
pulacyjneokreślanewliteraturzeanglosaskiejjako
znalazłastałemiejscewbadaniachmolekularnych.
GWAS(ang.genome-wideassociationstudies).
II.3.3.Polimorfizm
3TerminemRFLPpowszechnieokreślasięrównieżrodzajanalizyDNA,wktórejwykorzystywaneenzymyrestrykcyjne.