Treść książki
Przejdź do opcji czytnikaPrzejdź do nawigacjiPrzejdź do informacjiPrzejdź do stopki
(www.bacterio.net/-classifphyla.html).Połączonowniejdanedostarczone
przezTaxonomicOutlineofBacteriaandArchaea(TOBA)taksonomii
NCBI(NationalCentreforBiotechnologyInformation),TaxonomicOutline
ofBergey’sManualofSystematicBacteriologyorazsugestieLTP(Living
TreeProject).Obejmujeona2domeny,39typów,89klasi1podklasę,
197rzędówi20podrzędów,446rodzini2857rodzaje.Wtabeli1.4zawarte
sąwszystkiedotychczasnazwanenajwyższetaksonyobecnenatejliście
klasyfikacyjnej.Wstosunkudowersjiz2012rokupokazanejwpoprzednim
wydaniutejksiążkijestonawyraźnieliczniejsza.Wielejednakwyższych
jednosteksystematycznychpozostajenienazwanych.Wydzielonojejednak,
bogenetycznacharakterystykazaliczonychdonichgatunkówwskazujena
ichodmienność,copowoduje,żeniemieszcząsięwinnychnazwanych
jednostkach.Pokazujeto,jakbardzodynamicznyjestobecnieprocestworzenia
klasyfikacjiprokariotów.Poopisyposzczególnychjednostektaksonomicznych
LPSNkierujedobazyinternetowej,e-książki,jakąjestBergey’sManualof
SystematicsofArchaeaandBacteria(BMSA).
Wtabeli1.4widać,jaki,wgruncierzeczyniewielki,udziałwświecie
organizmówprokariotycznychmająbakterieouznanejchorobotwórczości
dlaludziizwierzątstanowiąceobiektzainteresowaniarutynowejdiagnostyki
bakteriologicznej.Znacznieobszerniejsza,obejmującawięcejklasjestobecnie
listatychprokariotów,którewykrytoworganizmieczłowiekawczasie
badańludzkiegomikrobiomu,aktórychobecnościniewiążesięzchorobami
infekcyjnymi.Omikrobiomieczłowiekamowajestwrozdziale22tejksiążki.
Żadenzsystemówtaksonomicznychniejestpozbawionywad.Żaden
teżniemożebyćuznanyzaostatecznyizamknięty.Obecnieprzyjętysystem
opartynaszkielecie,jakimjestSSU,uzupełnianyjestwynikamiuzyskiwanymi
innymimetodamimolekularnymi,obejmującymiinnemarkeryorazdane
uzyskiwanewwynikusekwencjonowania.Niekiedyjednakotrzymywane
wtensposóbdaneniewpełnipokrywająsięzwynikamiuzyskiwanymiprzez
analizęcechfenotypowych.Trzebapamiętać,żegenywyznaczająjedynie
potencjalnemożliwościkomórek,aśrodowiskobytowaniawymuszanaturalną
selekcjębędącąpodstawąichewolucji.Dlategotylkoanalizawielucech,
wtymszerokopojętegofenotypu,którapozwalanastworzeniecałościowego
(holistycznego)obrazu,szczególnienajniższychjednostektaksonomicznych:
gatunkówipodgatunków,dajeszansęnaichprecyzyjnesklasyfikowanie.
Każdyprocesdiagnostycznyprowadzonywlaboratoriumklinicznym
zaczynasięodwyznaczeniakierunkubadań.Trzebaokreślić,jakie
mikroorganizmyznajdująsięwprzesłanymmaterialepobranymodpacjenta,
wjakiejsąproporcjiiktóreznichnależyuznaćzaczynniketiologiczny
infekcji.Totrudnezadanie,wktóregorozwiązaniubiorąudziałróżneosoby:
lekarzkierującypróbkędobadaniaimikrobiolodzy-diagnościwykonujący
badanie.Wprzypadkupróbekklinicznychistotnajestznajomośćpatogenezy
choróbimetoddiagnostycznych,którepozwoląnaszybkieotrzymaniewyniku.
Niejestobecniemożliwerutynowezastosowaniemetodmetagenomiki
9
