Treść książki
Przejdź do opcji czytnikaPrzejdź do nawigacjiPrzejdź do informacjiPrzejdź do stopki
OptymalizacjaprocesuprojektowaniastarterówdoreakcjiqPCR
21
jaknajdokładniejszezawężenieliczbyparstarterówuzyskanychwprogramie
Primer-BLAST.
WprzypadkunarzędziaPrimer-BLASTzauważonospecyficznośćprogramu
wwykrywaniujednegomiejscaiznajdowaniawieluparstarterówróżniących
sięjedynieprzesunięciemokilkanukleotydównasekwencjireferencyjnej.
WwiększościprzypadkówPrimer-BLASTznajdowałstarteryreferencyjne
albosekwencjebardzodonichzbliżone.Napodstawieuzyskanychdanych
zauważyćmożna,jakwielezmieniaprzesunięciepojedynczegostarteranawet
ojednązasadęnukleotydową,coudowadnia,żeważnajestumiejętnośćpro-
jektowaniasekwencjistarterowychqPCRwceluuzyskaniawynikówbadania
wiernieodwzorowującegoliczbęcząsteczekmRNAwbadanychpróbkach.
OligoCalcumożliwiauzyskanietemperaturytopnieniastarterów,któraznaj-
dujezastosowaniezarównonadalszychetapachproceduryprojektowania,jak
iwtrakcieoptymalizacjiwarunkówtemperaturowychreakcjiqPCR.
PakietoprogramowaniaUNAFoldumożliwiaprzewidzeniestrukturdrugo-
rzędowychtworzonychprzezstartery.Jesttokrytycznyetapopisanejprocedury,
gdyżwarunkujeon,czywybranaparastarterówmożeznaleźćzastosowanie
wreakcjiqPCRiczyuzyskanewynikibędąspecyficznedlacząsteczkimatry-
cowej.Immniejszailośćtworzonychstruktur,tymtworzonasekwencjanukle-
otydowadajeefektywniejszewyniki.Ważnymcelemużyciategonarzędziabyło
przewidzenieliczbytakzwanychstruktur„hairclips”,którezatrzymujądziałanie
danejspecyficznejsekwencjistarterowejprowadzącdotworzenia„ciasnych
kątów”.Poporównaniustrukturdrugorzędowychtworzonychprzezstartery
zaprojektowanewzględemstarterówreferencyjnych,teoretyczniepierwsze
znichtworząstrukturydająceefektywniejszewyniki.
ProgramUGENEdziękibogatejszaciegraficznejdajemożliwośćwizuali-
zacjigenów.Umożliwiatonałatwiejsządalsząpracęzbadanymfragmentem
cDNA(orazmRNA),poprzezmożliwośćnanoszeniananiegozaprojektowa-
nychstarterówidającinformacjęoamplifikowanymregionie.Tenetappozwala
takżenazweryfikowanie,czyktóryśzparyzaprojektowanychstarterówznajduje
sięnacharakterystycznymdlamRNApołączeniuegzon-egzon.Dziękitemu,
wsytuacjigdyuzyskanowięcejniżjednąparęspecyficznychsekwencjistarte-
rowych,możliwejestwybranienajlepszejparyzdaniembadacza.
Wedługopiniiautorek,utworzonaprocedurajestszczególnieprostawza-
implementowaniudopracylaboratoryjnejzewzględunafakt,żewszystkie
zastosowaneprogramysąogólnodostępneidarmowewprzypadkuzastosowań
niekomercyjnychorazdostępdo3z4narzędzimożesięodbywaćzpoziomu
przeglądarkiinternetowej.Natomiastostatniprogramjestprostywobsłudze
ijestmożliwośćzainstalowaniagonawielupopularnychsystemachoperacyj-
