Treść książki

Przejdź do opcji czytnikaPrzejdź do nawigacjiPrzejdź do informacjiPrzejdź do stopki
12
A.Jaworski,P.Stączek
Tabela1A.PrzykładyżnychsekwencjiSSRorazichlokalizacjiwgenomachniektórych
gatunkówbakterii
Yersiniapestis
Campylobacterjejuni
Bordetellapertussis
Helicobacterpylori
Haemophilusinfluenzae
Escherichiacoli
Mycoplasmagallisepticum(GAA)12
Moraxellacatarrhalis
Neisseriagonorrhoeae
Haemophilusinfluenzae
Haemophilusinfluenzae
Gatunekbakterii
(A)9
(C)8
(C)15
(CT)8
(TA)9
(TCT)5
(CAAC)?
(CTCTT)7
(GACGA)4
(ATCTTTC)16
wyjściowalicz-
bapowtórzeń
(5,3,)oraz
RodzajSSR
yadA/ORF
wafN/ORF
fimB/Promotor
HP722/ORF
fimA,B/Promotorfimbrie
ahpC/ORF
pMGA/Promotor
thp/ORF
opa/ORF
hsd/ORF
hmw/Promotor
Gen/Lokalizacja
wobrębiegenu
białkobłonowe
syntezaLPS
adhezyna
białkobłonowe
odpowiedźna
stres
adhezyna
nieznana
adhezy-
na/inwazyna
restrykcja–
modyfikacja
adhezyna
Kodowana
funkcja
Litera-
tura
[55]
[64]
[20]
[30]
[19]
[11]
[65]
[66]
[56]
[67]
[18]
(Tab.1A).Innącechąjestichpodatnośćnamutacje,któreujawniająsięze
szczególniewysokączęstością(około10–4)wpostacizmianyliczbypowtó-
rzeń.AnalizalokalizacjisekwencjiSSRwgenomachwielugatunkówbakte-
riiwskazuje,żeleżąonewżnychgenach,zarównowichramkachodczy-
tu,jakiwczęściachregulatorowych(Tab.1A).Okazałosię,żebakteryjne
sekwencjeSSRsąobecnewgenachkodującychsyntezębiałekzarówno
membranowych,jakipowierzchniowych,białeksystemówrestrykcji/mo-
dyfikacjiDNAorazsystemówodpowiedzinastresyśrodowiskowe.Sątak-
żezlokalizowanewgenachkodującychżnebiałkaenzymatyczneuczest-
niczącewsyntezieważnychstrukturkomórkowychbakterii,jaknp.:
syntezielipopolisacharydu(LPS),adhezyn,fimbrii(Tab.1A).Określone
loci,wktórychznajdująsięsekwencjeSSR,charakteryzująsiębardzowy-
sokączęstościąmutacjiistądwliteraturzeprzedmiotuokreślasięjejako
hipermutatoroweregionyDNA(ang.simplesequencecontingencyloci
SSCL),odpowiedzialnezaadaptacyjnezmianyfazoweubakterii[5,8].
Najogólniejmożnastwierdzić,żebakterieodużychgenomach,jak
EscherichiacolilubPseudomonasaeruginosa(odpowiednio4,5i6,5mi-
lionaparzasad),atakżebakterienależącedokrólestwaArcheazawiera-
jąnaogółjedyniepojedynczesekwencjeSSRodługości2–5nukleotydów.
WgenomieE.coliK12znajdujesięzaledwiejednasekwencjadwunukleo-