Podstawy chemoinformatyki leków. Wydanie drugie rozszerzone

Andrzej Bąk, Jarosław Polański

Uzyskaj dostęp

Zakup książkę

ISBN/ISSN:

978-83-8012-897-2

DOI:

Wydawnictwo:

Uniwersytet Śląski

Rok wydania:

2018

Liczba stron:

288

XML:ISBN/ISSN:

ONIX MARC21

Bibliografia:

Bąk, Andrzej; Polański, Jarosław. Podstawy chemoinformatyki leków. Wydanie drugie rozszerzone. Red. . Katowice: Uniwersytet Śląski, 2018, 288 s. ISBN 978-83-8012-897-2

Bibliografia refWorks:

RT Book, Whole

SR Electronic(1)

A1 Bąk, A.

A1 Polański, J.

T1 Podstawy chemoinformatyki leków. Wydanie drugie rozszerzone

PB Uniwersytet Śląski

PP Katowice

YR 2018

SN 978-83-8012-897-2

Bibliografia BibTex:

@Book{ 193464, author = "Bąk, Andrzej and Polański, Jarosław", editor = "", title = "Podstawy chemoinformatyki leków. Wydanie drugie rozszerzone", publisher = "Uniwersytet Śląski", year = "2018", address = "Katowice", isbn = "978-83-8012-897-2" }

Bibliografia endNote:

TY - BOOK

AU - Bąk, Andrzej

AU - Polański, Jarosław

ED -

TI - Podstawy chemoinformatyki leków. Wydanie drugie rozszerzone

PB - Uniwersytet Śląski

CY - Katowice

PY - 2018

SN - 978-83-8012-897-2

ER -

Netografia (standard APA):

Bąk, Andrzej; Polański, Jarosław. Podstawy chemoinformatyki leków. Wydanie drugie rozszerzone [baza danych online] Katowice: Uniwersytet Śląski, 2018 [dostęp: 25 08 2024]. Dostęp w Ibuk Libra: https://libra.ibuk.pl/reader/podstawy-chemoinformatyki-lekow-wydanie-drugie-rozszerzone-andrzej-bak-jaroslaw-polanski-193464.

projektowanie molekularne, projektowanie leków, chemoinformatyka

Na polskim rynku księgarskim dostępnych jest szereg podręczników poświęconych chemii leków oraz projektowaniu leków, brakuje natomiast podręcznika poświęconego chemoinformatyce. W zamyśle autorów niniejszy skrypt ma za zadanie wypełnić tę lukę. Po...

Więcej

ISBN/ISSN:

978-83-8012-897-2

DOI:

Wydawnictwo:

Uniwersytet Śląski

Rok wydania:

2018

Liczba stron:

288

XML:ISBN/ISSN:

ONIX MARC21

Przedmowa do wydania drugiego /9
1. Wstęp /11
2. Przedmiot chemii i chemoinformatyki /13
3. Komputer jako narzędzie pracy chemika – problemy wprowadzania danych /21
3.1. Kodowanie cząsteczek w chemoinformatyce /26
3.2. Grafy cząsteczek chemicznych /26
3.3. Notacja liniowa /28
3.3.1. Kody SMILES /30
3.3.1.1. SMILES – język kodowania grafów molekularnych /30
3.3.1.2. Gramatyka języka SMILES /31
3.3.2. Inne systemy notacji liniowej /41
3.4. Macierzowe systemy kodowania konstytucji cząsteczki /42
3.5. Edytory molekularne /50
3.6. Standardy wymiany informacji strukturalnej /60
3.7. Nomenklatura chemiczna /68
3.8. Związek chemiczny – in vitro oraz in silico /72
3.9. Ontologia chemiczna – formalna definicja związku chemicznego /73
3.10. Właściwości związków chemicznych i ich pomiary /76
3.11. Chemiczne bazy danych /78
3.11.1. Organizacja bazy danych /78
3.11.2. Typy baz danych /80
3.11.3. Strukturalne bazy danych ligand�w /83
3.11.4. Strukturalne bazy danych makromolekuł /86
3.11.5. Bazy literaturowe /90
4. Chemia in silico – problemy przetwarzania danych /93
4.1. Deskryptory molekularne /93
4.1.1. Kodujące deskryptory konstytucyjne /95
4.1.2. Deskryptory daktyloskopowe cząsteczki /95
4.1.3. Deskryptory obliczane na podstawie atomowej reprezentacji cząsteczki /95
4.1.4. Deskryptory obliczane na podstawie fragment�w molekularnych /96
4.1.5. Deskryptory topologiczne /96
4.1.6. Proste deskryptory geometryczne /97
4.1.7. Złożone deskryptory geometryczne /97
4.1.7.1. Deskryptory pola oddziaływań cząsteczkowych /97
4.1.7.2. Deskryptory profilu konformacyjnego /98
4.1.7.3. Deskryptory wirtualnego miejsca receptorowego /98
4.1.7.4. Deskryptory receptorowe /100
4.1.8. Deskryptory złożonych systemów cząsteczkowych ligand – receptor /100
4.1.9. Deskryptory skorelowane z właściwościami /100
4.1.9.1. Korelaty właściwości globalnych /100
4.1.9.2. Korelaty fragmentów molekularnych – stałe Hammetta /101
4.1.9.3. Prognozowanie właściwości związków chemicznych /104
4.2. Modelowanie struktur 3D /107
4.2.1. Generatory struktur 2D /110
4.2.2. Generatory struktur 3D /110
4.2.2.1. Semiempiryczne metody chemii kwantowej /116
4.2.2.2. Mechanika molekularna /117
4.2.2.3. Dynamika molekularna /125
4.2.2.4. Techniki generowania konformer�w /133
4.2.3. Pakiety do modelowania molekularnego /134
4.3. Podobieństwo strukturalne cząsteczek /139
4.4. Synteza i retrosynteza /152
4.4.1. Synteza organiczna – odwzorowanie reagentów w produkty /154
4.4.2. Projektowanie syntezy organicznej – odwzorowanie produktów w reagenty /155
4.4.3. Retroreakcje – nomenklatura syntonów /160
4.4.4. Operacje na syntonach /160
4.4.4.1. Przekształcenie syntonu w reagent /160
4.4.4.2. Modyfikacje synton�w /162
4.4.4.3. Odwrócenie reaktywności /163
4.4.5. Komputerowo wspomagane projektowanie syntezy (CASD) /164
4.5. Eksploracja baz danych /166
4.6. Chemometria – analizy złożonych danych chemicznych /169
4.6.1. Wybrane metody analizy struktury danych /170
4.6.2. Podstawowe pojęcia chemometrii /171
4.6.3. Zmienne i ich korelacje /171
4.6.4. Wstępna transformacja danych /173
4.6.5. Eksploracja danych /175
4.6.6. Jednoczynnikowa analiza wariancji /175
4.6.7. Wieloczynnikowa analiza wariancji /178
4.6.8. Algorytmy genetyczne /180
4.6.10. Analiza czynników głównych /183
4.6.9. Wybrane techniki projekcji i wizualizacji wielu zmiennych /183
4.6.11. Sieci neuronowe /185
4.6.12. Analiza regresji /198
4.6.13. Metoda najmniejszych kwadrat�w /201
4.6.14. Analiza regresji czynników głównych /205
4.6.15. Metoda częściowych najmniejszych kwadratów /205
4.6.16. Walidacja krzyżowa /207
4.7. Komputerowe wspomaganie projektowania molekularnego /212
4.8. Synteza ukierunkowana na właściwości /214
4.8.1. Intuicja i szczęśliwy traf w poszukiwaniach i odkryciach nowych leków /215
4.8.2. Schematy racjonalne w poszukiwaniu nowych leków – badanie zależności między budową a działaniem związków /215
4.8.3. Badania przesiewowe metodami chemii kombinatorycznej /223
4.8.4. Projektowanie molekularne in silico /224
4.8.5. Projektowanie leków, kiedy dostępne są dane strukturalne receptora /224
4.8.6. Dokowanie molekularne /227
4.8.7. Projektowanie oparte na szeregu aktywnych ligand�w /233
4.8.8. Ilościowe modele zależności struktura – aktywność QSAR /235
4.8.8.1. Modele 0D QSAR /236
4.8.8.2. Modele 1D QSAR /237
4.8.8.3. Modele 2D QSAR /237
4.8.8.4. Modele 3D QSAR /239
4.8.8.5. Modele 4D QSAR /243
4.8.8.6. Modele 5D QSAR /244
4.8.8.7. Modele 6D QSAR /245
4.8.8.8. Modele RI-QSAR z wirtualnym receptorem modelowanym danymi innymi niż szereg jego aktywnych ligandów /245
4.8.8.9. Modele RD QSAR z rzeczywistymi danymi receptorowymi /246
4.8.9. Lekotypy /247
5. Internetowe zasoby i nowe technologie chemoinformatyczne on-line /249
Literatura dodatkowa /255
Dodatek /257

20Przedmiotchemiiichemoinformatyki

Przedmiot

Chemia

Narzędzia

Metody

Problemy

Redukcjonizm

Precyzja

Złożoność

badań

insilico

matematyka

twardanauka

dobrzezdefiniowane

niski

wysoka

niska

atomylub

Chemia

fizyka

uczeniededukcyjne

cząsteczki(fizyka

małe

kwantowa

atomów)

cząsteczki

znanesąmetody

twardejmatematyki

matematyka

miękkanauka

słabozdefiniowana

średni

średnia

miękka

Chemo-

fizyka

scientificguess

matematyka

metria

chemia

wchemii

dlachemii

znanesąmetody

miękkiejmatematyki

matematyka

miękkanauka

słabozdefiniowana

wysoki

niska

wysoka

duże

Chemo-

fizyka

uczenieindukcyjne

matematyka

(bio)systemy

informatyka

chemia

istotaproblemu

chemiczne

chemiakwantowa

wykraczapoza

chemometria

matematykę

Chemiainsilico

Ramka4

Brak wyników

Podstawy chemoinformatyki leków. Wydanie drugie rozszerzone

Treść książki

Znajdź bibliotekę blisko siebie, i uzyskaj dostęp do ebooka w systemie IBUK Libra