Treść książki
Przejdź do opcji czytnikaPrzejdź do nawigacjiPrzejdź do informacjiPrzejdź do stopki
8
1.Strukturakowalencyjnapeptydówibiałek
stronrównania(1.3)iprzegrupowaniuwyrazówotrzymujemynastępującerów-
nanie:
pH=pKa+log
[HA]
[A-]
(1.4)
Wynikazniego,żeliczbowowartośćpKajestrównawartościpH,przyktó-
rejpołowacząsteczekkwasujestzjonizowanych,czyliprzyktórej[A-]równe
jest[HA].
Wprzypadkuzasadjedenzesposobówwyrażaniaichmocypolegana
odniesieniusiędoprocesuopisanegorównaniem(1.5)izdefiniowaniuKb(1.6)
orazpKb:
B+H2O→BH
Kb=
[BH+][OH-]
[B]
++OH-
(1.5)
(1.6)
PrzyjętojednakpowszechniewyrażaćmoczasadyprzezpodawaniepKasprzę-
żonegozniąkwasu,czyliBH+.ObiewartościpowiązanesązależnościąpKa+
pKb=14.
Jakzobaczymywpodrozdziale1.4,większośćaminokwasowychgrupα-ami-
nowychiα-karboksylowychwpeptydziezaangażowanajestwtworzeniewiązań
pomiędzykolejnymiaminokwasamiidlategoichwłaści-
Poniżejpokazanotrzyformyre-
wościkwasowo-zasadoweniemająwielkiegowpływuna
zonansoweguanidynowejczę-
ściłańcuchabocznegoargininy.
właściwościbiałek.Ważnejestnatomiastto,żeniektóre
Rzeczywistastrukturatejgru-
aminokwasymajądysocjującełańcuchyboczne,jakwyni-
pystanowihybrydępokaza-
kaztab.1.1.Łańcuchybocznezarównokwasuasparagino-
nychform;protonjestwniej
dzielonyprzeztrzyatomyazotu.
wego,jakiglutaminowegozawierajągrupykarboksylowe.
Hybrydajesttrwalszaniżktó-
Kiedyaminokwasytezostająwłączonewskładbiałka,
rakolwiekzpojedynczychstruk-
pKaichgrupkarboksylowychmieścisięwzakresie3,5–
tur.Utrataprotonuoznaczałaby
utratęstabilizacjiprzezrezonans
idlategoguanidynajestdość
mocnązasadą,ajonguanidynio-
wy—bardzosłabymkwasem.
4,5.Zpowodów,któreomówimywrozdziale5,dokładna
wartośćpKazależyodpołożeniaaminokwasuwłańcuchu
białkowym.Coważne,przyobojętnympHobietereszty
aminokwasoweobdarzonesąładunkiemujemnym.Także
itiolowyłańcuchbocznycysteinyjestlekkokwasowy;pKa
wynosiwtymprzypadkuwprzybliżeniu9(właściwiena-
leżałobypowiedzieć,żeaniontiolanowywykazujesłabe
właściwościzasadowe).Tiolewbiałkachnaogółniesąna-
ładowane,alewniektórychenzymachposzczególnegrupy
tiolowemogąsięznaleźćwśrodowisku,któresprzyjaich
jonizacji,czyniącznichdobrenukleofile.
Zasadowełańcuchyboczneznajdująsięwlizynie,ar-
gininieihistydynie.WbiałkachwartośćpKatychgrup
mieścisię,odpowiednio,wzakresach9,5–10,5,12–13i6–7.
Dlategoteżwobojętnymroztworzebiałkalizynaiargnini-
