Treść książki
Przejdź do opcji czytnikaPrzejdź do nawigacjiPrzejdź do informacjiPrzejdź do stopki
1.3.Klasyfikacjainazewnictwobakterii
7
Ryci1i2iDrzewofilogenetycznedomenyBacteria,zzaznaczeniemnajważniejszychtypów(phyla).Drzewoskonstruowano
napodstawieanalizysekwencji16SrRNA.Wskazanychjestkilkanaściespośródponad30zdefiniowanychtypówdomenyBacte-
ria(wg:Madigan,Martinko,Parker.2000,Brockbiologyofmicroorganisms(9.wyd.),PrenticeHall)
nieustannymzmianom.Doniedawnapodstawą
definiowaniagatunkówprokariotycznychbyłod-
powiednistopieńpodobieństwazespołuistotnych
cechstrukturalnychiwłaściwościfizjologicznych
(czylicechfenotypowych),którypozwalałpewną
grupęszczepówodróżnićodinnej,charaktery-
zującejsięodmiennymzespołemcech.Takade-
finicjajestdośćsubiektywnaimożemyjąstoso-
waćdoopisugatunków,którepotrafimyizolować
wpostaciczystychkulturihodowaćwwarunkach
laboratoryjnych,anależypamiętać,żewiększość
prokariotówistniejącychnaZiemitoorganizmy,
którychhodowaćniepotrafimy(ang.nonculturable
organisms).
Wmomenciewprowadzeniadotaksonomii
metodbiologiimolekularnej,azwłaszczaporów-
nywaniasekwencjinajbardziejkonserwowanych
makrocząsteczek(RNA,DNAibiałek),możliwe
stałosięznaczącezobiektywizowanieanalizypo-
równawczejizaproponowaniedefinicjigatunku
prokariotycznegouwzględniającejparametryana-
lizymolekularnej(dokładniejszeomówieniewy-
korzystaniametodbiologiimolekularnejwtakso-
nomiiianaliziefilogenetycznejjestprzedstawione
wpodrozdz.1.4).
Gatunek,wodniesieniudoprokariotów,to
grupaorganizmów,które:
.
wykazująniewięcejniż1%różnicwsekwencji
nukleotydowej16SrDNA,
.
charakteryzująsięconajmniej70%podobień-
stwemsekwencjiDNA,mierzonympoziomem
hybrydyzacjiDNA/DNA,
.
różniąsięodinnychgatunkówzespołemistot-
nychcechfenotypowych.
Wskładgatunkuwchodząróżneszczepy
bakterii,które,różniącsięodsiebienieznacznie
(mogątobyćniezależnenaturalneizolatybakterii
zaklasyfikowanedotegosamegogatunkulubnod-
miany”bakteriizjedną,celowowyselekcjonowaną
bądźsztuczniewprowadzonąmutacją),spełniają
jednakpodstawowekryteriamolekularneprzyna-
leżnościdojednegogatunku.Wobrębieniektó-
rychgatunkówwyróżniasiędodatkowopodga-
tunki(subspecies,np.Lactococcuslactissubsp.
cremoris),atakżeodmiany(niebędącejednost-
kamitaksonomicznymi),którewskazująnaodręb-
newłaściwościfenotypoweokreślonychszczepów.
Właściwościtemogąbyćbliżejnieokreślone(ang.
biovarlubbiotype)lubdotyczyćkonkretnychcech,
takichjakzdolnośćdoinfekowaniapewnychgo-
spodarzy(ang.pathovarlubpathotype),wrażli-
wośćnainfekcjęfagiem(ang.phagovarlubpha-
gotype),właściwościserologiczne(ang.serovarlub
serotype-np.Salmonellaentericasv.Typhimu-
rium;s.412)iinne.
Gatunkiwykazującewiększeróżnicewse-
kwencjinukleotydowej16SrDNA(stopieńpo-
dobieństwapomiędzy97a99%)orazpoziom
