Molekularne techniki analizy RNA

Praca zbiorowa

Uzyskaj dostęp

Zakup książkę

ISBN/ISSN:

978-83-235-1755-9

DOI:

Wydawnictwo:

Uniwersytet Warszawski

Rok wydania:

2013

Liczba stron:

XML:ISBN/ISSN:

ONIX MARC21

Bibliografia:

Praca zbiorowa. Molekularne techniki analizy RNA. Red. . Warszawa: Uniwersytet Warszawski, 2013, 65 s. ISBN 978-83-235-1755-9

Bibliografia refWorks:

RT Book, Whole

SR Electronic(1)

A1 Praca zbiorowa

T1 Molekularne techniki analizy RNA

PB Uniwersytet Warszawski

PP Warszawa

YR 2013

SN 978-83-235-1755-9

Bibliografia BibTex:

@Book{ 168542, author = "Praca zbiorowa", editor = "", title = "Molekularne techniki analizy RNA", publisher = "Uniwersytet Warszawski", year = "2013", address = "Warszawa", isbn = "978-83-235-1755-9" }

Bibliografia endNote:

TY - BOOK

AU - Praca zbiorowa

ED -

TI - Molekularne techniki analizy RNA

PB - Uniwersytet Warszawski

CY - Warszawa

PY - 2013

SN - 978-83-235-1755-9

ER -

Netografia (standard APA):

Praca zbiorowa. Molekularne techniki analizy RNA [baza danych online] Warszawa: Uniwersytet Warszawski, 2013 [dostęp: 28 04 2024]. Dostęp w Ibuk Libra: https://libra.ibuk.pl/reader/molekularne-techniki-analizy-rna-praca-zbiorowa-168542.

biologia molekularna, Elektroforeza, analiza RNA, technika PCR, hybrydyzacja

Prezentowane w publikacji techniki są obecnie stosowane w większości laboratoriów zajmujących się biologią molekularną, ale ciągle brak ich opisu w literaturze polskojęzycznej. Wykłady do fakultetu „Molekularne techniki analizy RNA” ob...

Więcej

ISBN/ISSN:

978-83-235-1755-9

DOI:

Wydawnictwo:

Uniwersytet Warszawski

Rok wydania:

2013

Liczba stron:

XML:ISBN/ISSN:

ONIX MARC21

Wstęp8
1. Analiza northern – detekcja RNA na filtrach. Wykrywanie prekursorów rRNA u drożdży10
Opis i cel doświadczenia10
ĆWICZENIE 1. Izolacja całkowitego RNA z różnych organizmów oraz ocena jakościowa uzyskanego preparatu11
Metody izolacji RNA11
RNazy11
Dobra praktyka laboratoryjna12
Inhibitory RNaz12
Ocena jakości RNA13
Przechowywanie RNA13
Izolacja całkowitego RNA z komórek drożdżowych14
Literatura15
ĆWICZENIE 2. Elektroforetyczny rozdział RNA w żelu agarozowym i ocena jakości RNA16
Technika northern16
Znakowanie izotopowe16
Znakowanie nieizotopowe16
Detekcja znaczników nieradioaktywnych17
Elektroforeza RNA z drożdży w żelu agarozowym w warunkach denaturujących17
Transfer kapilarny18
ĆWICZENIE 3. Wykrywanie prekursorów rRNA u drożdży – hybrydyzacja 19
Literatura19
Odpłukanie nadmiaru sond19
Procedura hybrydyzacji19
Skład buforów19
Wizualizacja hybrydyzacji19
2. Analiza northern – wykrywanie transkryptów CUT u drożdży21
Wstęp21
Co to są CUTy?21
Funkcje CUTów22
Literatura22
ĆWICZENIE 4. Elektroforeza RNA w denaturującym żelu poliakrylamidowym24
Elektroforeza RNA w 6% żelu poliakrylamidowym z 7 M mocznikiem24
Transfer elektryczny mokry24
ĆWICZENIE 5. Hybrydyzacja RNA na membranie z sondą radioaktywną specyficzną wobec IGS1-R, wyznakowaną metodą „random-priming”25
3. Wykrywanie małych RNA26
Wstęp26
Małe interferujące RNA: miRNA i siRNA26
Wybrane metody detekcji małych RNA (iRNA)27
Literatura29
ĆWICZENIE 4. Pulsacyjny RT-PCR, cz. 1 – pulsacyjna odwrotna transkrypcja30
Materiały30
Pulsacyjna odwrotna transkrypcja30
Trawienie DNazą30
ĆWICZENIE 5. Reakcja PCR – cz. 232
ĆWICZENIE 6. Rozdział w żelu agarozowym produktów pulsacyjnego RT-PCR33
Przygotowanie próbek33
4. Badanie końców cząsteczek RNA na przykładzie drożdżowych prekursorów snoRNA. Technika cRT-PCR34
Wstęp34
RNaza H34
Ligacja RNA35
Literatura35
ĆWICZENIE 6. Trawienie RNazą H i ligacja RNA36
Trawienie RNazą H36
Ligacja RNA37
ĆWICZENIE 7. Reakcja odwrotnej transkrypcji i PCR38
PCR38
Reakcja odwrotnej transkrypcji38
ĆWICZENIE 8. Elektroforeza produktów PCR 39
5. PCR ilościowy: RT-qPCR40
Wstęp40
Formaty detekcji produktów qPCR40
Analiza doświadczeń qPCR41
Kontrola jakości RNA41
Najbardziej kluczowe elementy RT-qPCR42
Literatura43
ĆWICZENIE 8. Projektowanie starterów do qPCR – konkurs na najlepszą parę starterów44
Wskazówki do projektowania starterów44
Wykonanie ćwiczenia45
ĆWICZENIE 9. Testowanie zaprojektowanych starterów do qPCR 46
Przygotowanie reakcji qPCR46
Przygotowanie starterów46
ĆWICZENIE 10. Analiza reakcji qPCR47
6. Oznaczenia aktywności enzymów biorących udział w obróbce RNA48
Oznaczanie aktywności enzymów hydrolizy kapu48
Struktura kapu transkryptów polimerazy RNA II48
Hydroliza kapu49
Badanie enzymatycznej hydrolizy kapu50
Oznaczanie aktywności endonukleazy Rnt151
Endonukleazy z rodziny RNazy III51
Rnt152
Biogeneza sn/snoRNA u drożdży Saccharomyces cerevisiae, rola Rnt153
Literatura54
ĆWICZENIE 11. Analiza aktywności Rnt1 w ekstrakcie drożdżowym56
Protokół56
7. Analiza oddziaływania białka z kwasem nukleinowym: test opóźnienia migracji w żelu (EMSA)59
Wstęp59
Analiza EMSA59
Terminacja transkrypcji polimerazy RNA I60
Literatura61
ĆWICZENIE 12. Wiązanie Reb1 do IGS1 rDNA in vitro62
Badane warianty IGS1 rDNA S. cerevisiae62
Rozdział w natywnym żelu poliakrylamidowym62
Wiązanie białka do DNA62
8. Sztuczne microRNA – amiRNA64
Wstęp64
ĆWICZENIE 13. Projektowanie amiRNA65
Literatura65
Wady amiRNA65
Wybrane zalety amiRNA65