Treść książki
Przejdź do opcji czytnikaPrzejdź do nawigacjiPrzejdź do informacjiPrzejdź do stopki
filogenezyorazcechgenotypowychifenotypowychidentyfikowanego
organizmu(tab.1.3).Jesttotaksonomiazmierzającadouzyskaniakonsensusu
wynikającegozporównywaniatychwszystkichcech.Przytoczonatutabela
autorategosystemuniezawierajeszcze,jakoźródłainformacjitaksonomicznej,
pełnejsekwencjigenomowegoDNA,alezdaniemwielubadaczybędzieona
dołączonaizastąpiczęśćwskazywanychpierwotnieprzezVandamme’acech
charakteryzującychmateriałgenetyczny.
Tabela1.3.Cechyimetodybadawczeuwzględnianewtaksonomiipolifazowej(zmodyfikowanewg
Vandamme’a)
DNAgenomowy
SegmentyDNA
RNA
Białka
Markerychemotaksonomiczne
Cechyfenotypowe
mol%G+C
wzoryrestrykcyjne(RFLP,PFGE)
wielkośćgenomu
hybrydyzacjaDNA-DNA
ANI
fingerprintingopartynaPCR:rybotypowanie,ARDRA,RAPD,AFLP
sondygenetyczne
sekwencjonowanieDNA
sekwencje
profilemasycząsteczkowej
wzoryelektroforetyczne:białkakomórkowe;białkaściany
wzoryelektroforetyczneizoenzymów
komórkowekwasytłuszczowe
kwasymykolowe
hydrofobowełańcuchybocznelipidów:izoprenoidyikwasytłuszczowe
iichestry
lipidypolarnemembranycytoplazmatycznej
benzochinonyinaftochinony(menachinony)
poliaminykowalencyjniewiązanezpeptydoglikanem
elementyścianykomórkowej,peptydoglikan
wielocukryzewnątrzkomórkowe
morfologia
cechybiologiczne
metabolizm(wsystemachnumerycznych)
enzymologia(zymogramy)
budowaantygenowa
RFLP-ang.restrictionfragmentlenghtpolymorphism;PFGE-ang.pulsed-fieldelectrophoresis;AFLP-ang.amplified
fragmentlengthpolymorphism;RAPD-ang.randomamplifiedpolymorphicDNA;ARDRA-ang.amplifiedribosomalDNA
restrictionanalysis.
Aktualniestrategiapostępowaniaidentyfikacyjnegonieznanegoszczepu
rozpoczynasięodocenywynikubadaniaMALDI-TOFMS(ang.matrix-
assisted-laserdesorption/ionizationtimeofflightmassspectrometry),
następnieobejmujeanalizępodobieństwasekwencji16SrRNAnapoziomie
98,7%,awprzypadkuodmiennościsięgasiępoporównanieidentyczności
sekwencjiortologówi/lubsekwencjonowanie.Ocenaszeregucech
6
