Treść książki
Przejdź do opcji czytnikaPrzejdź do nawigacjiPrzejdź do informacjiPrzejdź do stopki
miejscaizolacjiorazpodaniacharakterystykifenotypowejróżnicującejgo
odgatunkówjużznanych,cowymagajegohodowli.Przeprowadzanajest
teżanalizanowejnazwy,trzebateżwskazaćmiejscazdeponowaniaszczepu
wzorcowegowkolekcjach.Opistegogatunkumusibyćzaakceptowanyprzez
gronoredakcyjneiopublikowanyjakopełnotekstowapracawInternational
JournalofSystematicandEvolutionaryMicrobiology(IJSEM).Oczekuje
siętakże,chociażobecniezrealizowanotozaledwiewprzypadkukilkuset
gatunków,wskazaniamiejscadostępudopełnejsekwencjijegogenomu.
Corazczęściejsugerujesię,żetakżesamDNAwyekstrahowanyztychbakterii
powinienbyć,podobniejakwzorcoweszczepy,deponowanywkolekcjach
dostępnychpublicznie.
Kontrowersyjnąkwestią,któracorazczęściejpojawiasięwdyskusjach,
jeststworzeniezasadklasyfikacjitychdrobnoustrojów,którychobecność
iodrębnośćodtychjużpoznanychjeststwierdzonajedynienapodstawie
sekwencjiichDNA.Sątosekwencjenajczęściejwykrytewbadaniach
metagenomicznych.Bakteriete,jeślinieudałosięichwyhodować,sąobecne
jedyniejakodaneinsilico.Mamyświadomość,żespośródmikroorganizmów
obecnieżyjącychnaziemiumiemywyhodowaćzaledwie1-2%.Mimo
rozwojunowychtechnik,dziękidziedzinienazwanejkulturomika,
zpewnościądługojeszczeniebędziemyumielinamnożyćichtak,byzbadać
właściwościwszystkichtych,którychsekwencje16SrRNAzostałypoznane.
Tymsamymniebędziemymoglispełnićkryteriówniezbędnychobecniedo
opisaniaichjakonowychgatunków.Wydajesięjednak,żewciągnięcieich
doodpowiedniozbudowanegosystemuklasyfikacjijestpotrzebne,awięc
nieuchronne.DospisugatunkówprokariotówzawartegowLPSNjużobecnie
dołączononazwypoprzedzonesłowemCandidatus.Sątonowenazwy
przyjętedlaszczepówwzorcowych,którejeszczeniespełniająwszystkich
warunkówprzyjętychjakoniezbędnedozaakceptowaniaichjakonowego
gatunku,alewiedzaonich,zwykleprzedewszystkimpochodzącazanalizy
genomu,jestjużbardzoduża.
Współpracaróżnychgrupbadawczychijednosteknaukowych
tworzącychbazygromadzącesekwencjemikroorganizmówikonstruujących
naichpodstawiedrzewapodobieństwpozwoliłanatworzenieprojektów
scalającychotrzymywaneprzezniedane.Obecnie,w2018roku,wiodącym
projektemjest,obokbazNBCIiGreengenes,projektLTP-TheAll-Species
LivingTree’Project.Trzebajednakpodkreślić,żenieistniejeżadnaoficjalna
klasyfikacjaorganizmówprokariotycznych.Potrzebatworzeniasystemów
porządkującychichzbiórjestjednakoczywista.Obecnienajbogatszym
iuaktualnianymźródłemwskazującymnapokrewieństwoibogactwo
poszczególnychjednostektaksonomicznychjestutworzonaprzed20laty
przezprofesoraJ.Euzeby’egointernetowalistaLPSNpowszechniedostępna
nastroniewww.bacterio.net.Jestnaniejobecnieponadpiętnaścietysięcy
sześćsetgatunkówiprawiesześćsetpodgatunkówbakterii.Ostatniaznacząca
aktualizacjadrzewapokrewieństwzostałasporządzonawlipcu2018roku
8
