Treść książki
Przejdź do opcji czytnikaPrzejdź do nawigacjiPrzejdź do informacjiPrzejdź do stopki
16
AgnieszkaBachmura,AleksandraSztybor
Ryc.3.ProgramPrimer-BLAST-trzeciaczęśćparametrów.Ważnympolemna
ukazanejryciniejest„Organizm”.Wtymmiejscunależywpisaćnazwęorganizmu
lubgrupyorganizmów.Ikonawlewymdolnymroguopisanajako„GetPrimers”
służydorozpoczęciawyszukiwaniaprzykładowychstarterów.
Źródło:Opracowaniewłasne
NCBIdajemożliwośćzapisanianaszychgenówwpostaciplikówFASTAoraz
GenBank,którewykorzystujemydodalszejpracy.
Kolejnymprogramemzastosowanymwniniejszejpracybyłonarzędzie
dostępnezpoziomuprzeglądarkiinternetowej-OligoCalcwer3.26(Kib-
be2007).Maonomożliwośćobliczaniaparametrówfizykochemicznychpar
starterównapodstawieichsekwencji.Jakwynikazpraktykilaboratoryjnej,
OligoCalc,wykorzystujeinnealgorytmyniżPrimer-BLAST,wtymmodel
termodynamicznynajbliższegonukleotydudlatemperaturytopnienia,dzięki
czemudajewynikiznaczniebardziejzbliżonedoobserwowanegowrzeczywi-
Ryc.4.ProgramPrimer-BLAST-wstępnewyniki.Informacjeprzedstawionewyżej
sąpotrzebnedoodpowiedniejselekcjistarterów.Rycinaukazujem.in.dane,takie
jak:miejscepoczątkuikońcastarterów,długośćproduktu,procentowąilośćzasad
guaninyicytozyny,wartośćróżnicystopnitemperaturytopnienia.
Źródło:Opracowaniewłasne
