Treść książki
Przejdź do opcji czytnikaPrzejdź do nawigacjiPrzejdź do informacjiPrzejdź do stopki
3.Czynnikirozwojuosobniczegoczłowieka
nastąpiłoznaczneprzyspieszeniepracnadludzkimgenomem.Tymbardziej,żekoncern
CeleraGenomicsdziałałwkonkurencjidozespołurządowegoHGP,aJ.CraigVenter
oświadczył,żezamierzaopatentowaćkilkasetgenówiwykorzystaćswojąbazędanych
docelówkomercyjnych.Zasłaniającsięprawempatentowym,nieudostępniałinformacji
natematswoichbadań.Wdniu26.06.2000r.FrancisS.Collins,dyrektorNHGRIiJ.Craig
Venter,założyciel,współwłaścicieliprezesprywatnejfirmyCeleraGenomicsogłosilipo-
znaniepierwszej,przybliżonejsekwencjigenomuludzkiego.Dwieepokowepublikacje
ukazałysięrokpóźniej.PublikacjarządowegozespołuHPGukazałasię15.02.2001r.
wNature:InternationalHumanGenomeSequencingConsortium.Initialsequencingand
analysisofthehumangenome.Nature2001,409:860–921.PublikacjakoncernuCeleraGeno-
micsdatowanana16.02.2001r.ukazałasięwScience:VenterJ.C,AdamsM.D,MyersE.W
iinni.Thesequenceofthehumangenome.Science2001,291:1304–1351.Dnia14.04.2003r.
ogłoszonozakończeniesekwencjonowania99%genomuczłowiekaztrafnością99,99%.
GłównymcelemprojektuHGPbyłozwiększeniepodstawowegorozumieniaprocesów
biochemicznychworganizmachżywych.Celeszczegółowesformułowanonastępująco:
•zidentyfikowaćwszystkiezokoło20500genówwludzkimDNA;
•określićsekwencję3miliardówparzasad,któreskładająsięnaludzkieDNA;
•przechowywaćtęinformacjęwbazachdanych;
•ulepszyćnarzędziadoanalizydanych;
•przenieśćzwiązanezprojektemtechnologiedosektoraprywatnego;
•zająćsiękwestiamietycznymi,prawnymiispołecznymi,któremogąwyniknąćzpro-
jektu(https://genomics.energy.gov.Dostęp:styczeń2018).
Metody
ModelludzkiegomateriaługenetycznegowHGPstanowiłyleukocytypobranewdużej
liczbieodkobietinasienieodmężczyzn.WkoncernieCeleraGenomicsużytomieszanki
próbekpobranychodanonimowychdawcówzkażdegokontynentu.Podczasreali-
zacjiprojektuobiegrupybadawczezastosowałymetodęustalaniakolejnościzasad
(sekwencjonowania)wefragmentachDNAuzyskanychzludzkichchromosomów.Frag-
mentytepopowieleniuiodczytaniuponownieskładanonapodstawiepasującychdo
siebiekońców,którelokalizowanonazasadzienakładaniasięidentycznychsekwencjiDNA
(ang.overlappingsequences).Metodęodczytunazwanometodąustalaniakolejnościzasad
wrozbitychfragmentachpierwotnejbadanejniciDNA(ang.shotgunsequencing).Prze-
prowadzanokilkalubkilkanaścierundsekwencjonowaniawceluzmniejszeniaprawdo-
podobieństwawystąpieniabłędówodczytu.Nazakończenieodcinkioznanejkolejności
zasadukładanowwiększeelementy,następniewcałybadanyodcinekDNAodpowiada-
jącydanemuchromosomowi.Tametodaróżniłasięszczegółowymirozwiązaniamizasto-
sowanymiwbadaniachobugrup.WHGPzastosowanoklasycznątechnikęsekwencjono-
wania,sekwencjonowaniehierarchiczne(ang.hierarchicalshotgunsequencing).Najpierw
zmapowanowielkoinsertoweklony,apotemzastosowanosekwencjonowanielosowe:
fragmentacjaDNAchromosomów,określaniekolejnościnukleotydówwtychodcinkach
iustawienieuzyskanychsekwencjiDNAwodpowiedniejkolejności.Natomiastsposób
sekwencjonowaniazastosowanyprzezCeleraGenomicspolegałnapocięciuDNAbada-
negoorganizmunaogromnąliczbęfragmentów,którebyłynastępniesekwencjonowane
bezzwracaniauwaginaichpołożeniewzględemsiebiewchromosomach.Odczytpro-
wadzonobezpośredniowefragmentachuzyskanychwprostzpierwotnejbadanejnici
DNAzpominięciemetapumapowaniaklonów.Procestennazwanoodczytemcałego
genomu(ang.whole-genomeshotgunsequencing).Dopasowaniesekwencjiprzeprowa-
dzanokomputerowo,coznacznieprzyspieszyłorealizacjęcelówbadawczychHGP.
43
