Treść książki

Przejdź do opcji czytnikaPrzejdź do nawigacjiPrzejdź do informacjiPrzejdź do stopki
1.4.Kinetykareakcjienzymatycznych
Kinetykareakcjienzymatycznychjestpodstawowymsposobemopisywania,przewidywaniaiobliczania,wjakisposóbenzymywiążą
substratyiprzekształcająjewprodukty,atakżejakszybkoiefektywniezachodzitenproces.
Wubiegłymstuleciuzaproponowanoilościowepodejściedokinetykienzymów[14],jednakżedanedoświadczalneniebyłyprzydatne,
ponieważnieznanojeszczewówczaslogarytmicznejskalipH.skalęopracowanotrochępóźniej[15]razemzkoncepcjąbuforowania.
Później,gdyzaczętopowtarzaćwcześniejszedoświadczenia,udowodnionoprawdziwośćwyprowadzonychrównań,aokinetycezaczęto
mówićjakookinetyce(Henriego–)Michaelisa–Menten[16].Pracetebyłykontynuowane,dziękiczemuopracowanorównaniakinetyczne,
którestosujesiępodziśdzień[17].
Modeldziałaniaenzymu,porazpierwszywyjaśnionyprzezMichaelisaiMenten[16],sugeruje,żewskutekzwiązaniasięwolnegoenzymu
zsubstratemdochodzidopowstaniakompleksuenzym–substrat.Komplekstenulegatransformacji,uwalniająctymsamymproduktoraz
wolnyenzym:
(2)
(3)
Jeślireakcjeprzedstawionerównaniami(1)i(2)połączysięwjednąwspólnąreakcję(3),touzyskujesięmodelkatalizyenzymatycznej.
Popierwsze,enzym(E)isubstrat(S)tworząrazemkompleksES;reakcjazachodziwmomencie,gdysubstratjestprzekształcany
wproduktreakcji,apóźniejdochodzidorozdzieleniakompleksuES,codajewolnyenzym(E)orazprodukt(P).
ModelMichaelisa–Mentenzakłada,żejedynienieznacznailośćkompleksuESwracadopostaciwolnegoenzymu(E)iS[tj.
k
1>>
k
–1
wrównaniu(1)].Szybkośćpowstawaniaproduktumożebyćwyznaczonazgodniezmechanizmemprzedstawionymrównaniem(2):
szybkośćpowstawaniaproduktujesttoiloczyn
k
2[S](4)
ZkoleiszybkośćpowstawaniapośredniegokompleksuES[patrzrównanie(5)]możebyćwyznaczonanapodstawiemechanizmów
opisanychrównaniami(1)i(2):
szybkośćpowstawaniakompleksuES=
k
1[E][S](
k
2+
k
1)[ES](5)
Jeślizałożysię,żereakcjaosiągnęłastanstacjonarny,czylistężeniepośredniegokompleksuESpozostajeniezmienne,podczasgdy
stężeniareagentówiproduktówzmieniająsię,torównanieprzedstawiająceszybkośćpowstawaniaproduktujestnastępujące:
(6)
Wrównaniu(6)[E0]oznaczapoczątkowestężeniewolnegoenzymu,[S]jeststężeniemsubstratu,zaśstałąspecyficznądladanego
enzymu,zwanąstałąMichaelisa–Mentenjest
K
M.Zależnośćpomiędzywartościąstałej
K
Mawartościamistałychszybkościwrównaniach
(1)i(2)jestopisananastępującymrównaniem:
(7)
StałaMichaelisa–Menten(
K
M)jestniezwykleistotna,ponieważmożnawyznaczyćdoświadczalnieiopisujemockatalitycznądanego
enzymu.Ponadto,woparciuowartość
K
Mmożnaprzewidziećszybkośćreakcjikatalizowanychenzymatycznie,oileznanewarunki
początkowe(stężeniasubstratuienzymu).
GłównązasługąHenriego[14]byłopostrzeganiereakcjienzymatycznychdwuetapowo.Wpierwszymetapiesubstratłączysięwsposób
odwracalnyzenzymem,tworząckompleksES.Zkoleiwdrugimetapieenzymkatalizujereakcjęchemicznąorazuwalniaprodukt.
Enzymywstaniekatalizowaćnawetkilkamilionówreakcjinasekundę.Szybkośćreakcjijestuzależnionaodwarunkówśrodowiskaoraz
stężeniasubstratu.
Wwarunkach,wktórychzachodzidenaturacjabiałek,aktywnośćenzymatycznaulegaobniżeniulubcałkowitejeliminacji.Dowarunków
tychzaliczamywysokątemperaturę,skrajnewartościpHczyteżdużestężeniasoli.Zwiększaniestężeniasubstratuprzyczyniasię
dozwiększeniaaktywności.Jednakże,abymócuzyskaćmaksymalnąszybkośćreakcjienzymatycznej,należyzwiększaćstężeniesubstratu
domomentuosiągnięciastałejszybkościkształtowaniaproduktu.Możedojśćdonasycenia,ponieważwrazzewzrostemstężenia
substratucorazwięcejcząsteczekwolnegoenzymujestprzekształcanedopostacizwiązanejzsubstratem,czylikompleksuES.
Wprzypadkuosiągnięciamaksymalnejszybkości(
V
max)działaniaenzymuwszystkiemiejscaaktywneenzymupołączonezsubstratem,
ailośćcząsteczekkompleksuESjesttakasamajakcałkowitailośćcząsteczekenzymu.Jednakże
V
maxjesttylkojednąstałąkinetyczną
odnoszącąsiędoenzymów.Ilośćsubstratupotrzebnadoosiągnięciaokreślonejszybkościreakcjijestrównieżważna.Jestonaokreślona
przezwartośćstałejMichaelisa–Menten(
K
M),któraodpowiadastężeniusubstratuniezbędnemu,byreakcjakatalizowanaprzezenzym
osiagnęłapołowęszybkościmaksymalnej.Każdyenzymposiadacharakterystycznąstałą
K
Mdladanegosubstratu,którawskazuje,jaksilne
jestwiązaniesubstratuzenzymem.Innąprzydatnąstałąjest
k
kat,którainformujeoilościcząsteczeksubstratuprzekształcanychwprodukt
przezjednomiejsceaktywneenzymunasekundę.
Wydajnośćenzymumożnawyrazićwpostacistosunku
k
kat/
K
M.Jestonrównieżokreślanymianemstałejspecyficznościiobejmujestałe
szybkościwszystkichetapówreakcji.Zewzględunato,żestałaspecyficznościodzwierciedlazarównopowinowactwojakrównieżzdolności
katalityczne,jestniezwykleużytecznaprzyporównywaniuróżnychenzymówpomiędzysobąbądźprzyporównywaniudziałaniatego
samegoenzymunaróżnesubstraty.Teoretycznamaksymalnawartośćstałejspecyficznościjestokreślanamianemgranicydyfuzji
iwynosiokoło108–109(Lmol–1s–1).Przytejwartościkażdezderzenieenzymuzsubstratemskutkujekatalizą,zaśszybkośćpowstawania
produktuniejestograniczanaprzezszybkośćreakcji,leczprzezwspółczynnikdyfuzji.Enzymyotakichwłaściwościachokreślasięmianem
katalitycznielubkinetycznieperfekcyjnych.
1.5.Czynnikiwpływającenaaktywnośćenzymów
Znajomośćpodstawkinetykireakcjienzymatycznychjestniezbędnadozrozumieniapodstawowychmechanizmówreakcjienzymatycznej
jakrównieżdowyboruwłaściwychmetodanalizyenzymów.
Jestkilkaczynników,któreoddziałująnaszybkość,zktórązachodząreakcjeenzymatyczne.totemperatura,wartośćpH,stężenie
enzymów,stężeniesubstratuorazobecnośćinhibitorówczyteżaktywatorów.
1.5.1.Stężenieenzymu
Wceluzbadaniawpływuwzrostustężeniaenzymunaszybkośćreakcjitrzebazastosowaćnadmiarsubstratu,żebyszybkośćreakcjibyła
niezależnaodjegostężenia.Wtymprzypadkuzmianywilościpowstającegoproduktu,zaistniałewokreślonymczasie,będązależne
jedynieodzawartościenzymu.Reakcjeteokreślasięczęstomianem„reakcjizerowegorzędu”,ponieważichszybkośćniejestuzależniona
odstężeniasubstratuijestrównapewnejstałej
k
.Powstawanieproduktuodbywasięzszybkością,którajeststaławciąguokreślonego
czasu.Zatemdodatkowezwiększenieilościsubstratunieprzełożysięnazwiększenieszybkości.Jeślireakcjajestzerowegorzędu,
topodwojenieczasuprzebiegutejreakcjiskutkujepodwojeniemilościproduktu.
Ilośćenzymuobecnegowśrodowiskureakcjijestmierzonanapodstawiejegoaktywnościkatalitycznej.Nazależnośćaktywności
odstężeniaenzymuwpływmaszeregczynników,takichjaktemperatura,wartośćpHitd.Najwyższaaktywnośćenzymatycznajest