Treść książki
Przejdź do opcji czytnikaPrzejdź do nawigacjiPrzejdź do informacjiPrzejdź do stopki
OptymalizacjaprocesuprojektowaniastarterówdoreakcjiqPCR
17
stościzachowaniastarterów(przedewszystkimpodajedokładniejszewartości
temperaturytopnienia).
Następnymetapemsprawdzaniajakościuzyskanychparstarterówjestanaliza
strukturdrugorzędowych,przeprowadzanazzastosowaniemnarzędziaMfold
lubUNAfoldwer3.9dlaoligonukleotydówDNA(Markham,Zuker2008).
Danyminiezbędnymidouruchomieniaprogramusąsekwencjenukleotydowe
uzyskanezprogramuPrimer-BLASToraztemperaturatopnieniauzyskana
znarzędziaMfold.Pozagenerowaniemschematówstrukturdrugorzędowych,
którychliczbazależnajestodwystępowaniakomplementarnychukładównu-
kleotydówwewnątrzpojedynczegostartera,obliczaonenergiętworzeniakażdej
zprzewidzianychstruktur.Podczasocenywizualnychwynikówzprogramu
Mfoldkierowanosięnastępującymizasadami:
–
występowanie1lub0strukturdrugorzędowychpozwalawnioskować,
żeprawdopodobieństwoichtworzeniajestniewielkieitakistartermoże
byćzaakceptowanydonastępnegoetapu,
–
wprzypadkugdystartermożetworzyćmiędzy2a4strukturdrugorzę-
dowych,należywizualniesprawdzić,czytakistartermożebyćużyty
wqPCR,poprzezanalizęenergiitworzenia(imwyższeΔG,tymmniej-
szeprawdopodobieństwoutworzeniadanejstruktury)orazsprawdzenie
liczbywiązańmiędzyparamiGC(występowanietrzechparGCobok
siebieuniemożliwiaużycietakiegostartera),
–
wprzypadkugdystartermożetworzyć5lubwięcejstrukturdrugorzę-
dowych,należygowyłączyćzkolejnychetapówprzygotowaniareakcji
qPCR.
UniproUGENEwer.1.33.0jestprogramemszerokostosowanymdowizu-
alizacji,analizyiprzetwarzaniadanychsekwencyjnychorazichadnotowania
(Golosovaiin.2015).Jestprogramemwieloplatformowymtypuopensource,
możliwymdozainstalowaniananajpopularniejszychobecniesystemachopera-
cyjnych:Windows,Linux(większośćdystrybucji),atakżemacOS(Okonechni-
koviin.2012).UGENEumożliwiawmiaręintuicyjnąwizualizacjęwyników,
międzyinnymiuzyskanychsekwencjiparstarterów,dziękiprostemuwobsłudze
interfejsowigraficznemu.Narzędzietotakżepozwalapracowaćnaplikach
zapisanychwformacieFASTAorazGenBank,anastępniełączyćjezdanymi
przechowywanymiwpamięciprogramu.Zapisanedanemogąbyćprzecho-
wywanezarównolokalnie(wpamięcilokalnegokomputera),jakiwpamięci
współdzielonej,przykładowolaboratoryjnejbaziedanych.
Naryc.5zestawionowszystkieopisanepowyżejprogramyinarzędziabio-
informatyczne,usystematyzowanozaproponowanyprzebiegprocesuprojek-
towaniastarterówdoqPCR.
