Treść książki
Przejdź do opcji czytnikaPrzejdź do nawigacjiPrzejdź do informacjiPrzejdź do stopki
OptymalizacjaprocesuprojektowaniastarterówdoreakcjiqPCR
13
metodizałożeństatystycznychjestnewralgicznymetapemanalizyinsilico
danychpochodzącychzwysokoprzepustowychmetodbiologiimolekularnej.
Wwynikuciąglerosnącejzłożonościibrakuustalonychzasadinżynieriiopro-
gramowaniakolejnychnarzędzikompilowanie,instalowanieikonfiguracja
dedykowanychaplikacjibioinformatycznychstanowicorazwiększyproblem.
Ponadto,coraztrudniejszestajesięzapewnieniekompatybilnościformatów
plikówmiędzyposzczególnymiprogramami.Cowięcej,wieleistniejących
narzędziposiadaograniczonewsparciezestronyautorów,cotakżeprzysparza
kolejnetrudnościwichobsłudze.Efektemprzytoczonychproblemówzwiąza-
nychzoprogramowaniemprzeznaczonymdoanalizydanychmolekularnych
jestkoniecznośćszkoleniabadaczy,którzymająsięnimposługiwać.Istnieją
jednaknarzędzia,któresąwieloplatformowe,łatwewinstalacjiorazrozwiązują
problemykomunikacyjnemiędzynarzędziami(Mangalam2002).Wniniejszej
pracyzaproponowanoproceduręmającąpomóc,ułatwićiujednolicićproces
projektowaniastarterówdoqPCRdladanychtranskryptomicznych.
Celpracy
Naukowcyodwielulatstosowaliręczneprojektowaniestarterów.Pozebraniu
szeregunarzędzibioinformatycznychproponujemyczęściowąautomatyzację
tegoprocesu,przyzachowaniupodobnychefektówprojektowania.Celemni-
niejszegoprojektubyłaoptymalizacjaprocesuprojektowaniastarterówqPCR
podkątemanaliztranskryptomicznych,ułatwiającaiprzyspieszającauzyskanie
sekwencjispecyficznychdlabadanegofragmentumRNA,zuwzględnieniem
połączeńegzon-egzoncharakterystycznychdlategorodzajumakromolekuł.
Materiałyimetody
PodstawowymiwytycznymiprojektowaniastarterówdoreakcjiqPCR,wy-
nikającymizdobrejpraktykilaboratoryjnej,któretakżebyłybranepoduwagę
wniniejszejpracy,sąnastępującezasady:
–
długośćsekwencjipowinnawynosićod18do30parzasad,
–
zawartośćparG+Cpowinnamieścićsięwprzedziale40-60%,
–
należyunikaćobszarów,wktórychwystępujewięcejniż3zasadyG
zrzędu,
–
należyunikaćzasadyTnakońcu3’,
–
należyunikaćkomplementarnychnukleotydówwprojektowanymstar-
terzeorazpomiędzystarteramibiorącymiudziałwjednejreakcji,
–
starteryniepowinnymiećwięcejniż3nukleotydyCiGwobrębie5
ostatnichnukleotydównakońcu3’,
