Treść książki

Przejdź do opcji czytnikaPrzejdź do nawigacjiPrzejdź do informacjiPrzejdź do stopki
stosowanąmetodąjestsekwencjonowaniemetodądideoksySangerawautoma-
tycznymsekwenatorzekapilarnym.Metodatapozwalanawykrycieróżnychtypów
mutacji,zwłaszczapunktowych(SNV),takichjak:substytucjenukleotydowe(pod-
stawieniejednegonukleotyduprzezinny),orazmałedelecjelubinsercje(indels)
wobrębieamplifikowanegofragmentuDNA.Wprzypadkuwiększychzmian
strukturalnychwobrębiegenukoniecznejestzastosowaniemetodyMLPAlub
arrayCGH.WsekwencjonowaniuSangerakażdyfragmentDNAjestsekwencjo-
nowanywodrębnejreakcji.Tentypbadaniaznajdujezastosowaniewprzypadku
choróbpowodowanychprzezmutacjewpojedynczychniedużychgenach.
Wprzypadkuchoróbpowodowanychprzezmutacjedużegogenu(np.choroba
Stargardta)lubjednegozwielumożliwychgenów(np.zwyrodnieniebarwnikowe
siatkówki)stosujesiętzw.sekwencjonowanienastępnejgeneracji(nextgeneration
sequencing,NGS)-nowąibardzowydajnątechnikęsekwencjonowaniaDNA.
Pozwalaonanamasowe,równoległesekwencjonowaniewielupróbekDNAiwie-
lugenówjednocześnie.NGSmożnapodzielićzewzględunazakresbadanych
sekwencjiDNAna:sekwencjonowaniepanelowe,sekwencjonowaniecałoeksomowe
(wholeexomesequencing,WES)orazsekwencjonowaniecałogenomowe(whole
genomesequencing,WGS).WESjestanaliząwyłączniesekwencjikodujących
genów,którenajpierwsięselekcjonuje,anastępniesekwencjonuje.
WdiagnostyceklinicznejspośródmetodNGSnajczęściejwykorzystywanepanele
diagnostyczne,wktórychbadasięwyłączniewybranegenypowiązanezdanąchorobą
lubgrupąchorób,aostatniotakżebadanieWES.Głównymograniczeniemobumetod
jestniewykrywanieniektórychtypówmutacji,wtym:mutacjigłębokointronowych,
mutacjidynamicznych,efektupozycjiorazniektórychwariantówstrukturalnych.
WGSpoleganasekwencjonowaniuzarównosekwencjikodujących,jakiniekodu-
jącychgenomu.DziękimetodomWESiWGSmożliwejestwykrywanienowych
mutacjiwznanychgenach,jakrównieżmutacjiwgenach,którychdotejporynie
wiązanozdanąchorobą.DodatkowoWGSpozwalanawykrywaniepatogennych
wariantówzlokalizowanychwsekwencjachniekodującychgenu(intronach)oraz
wobszarachmiędzygenowych.
1.3.
Poradnictwogenetyczne
MaciejR.Krawczyński
Postawienierozpoznaniaprzyczynowego,opartegonaidentyfikacjipatogen-
nychwariantówgenu,orazokreślenietypudziedziczeniaipotencjalnegoryzyka
12
10Wprowadzeniedooftalmogenetyki