Treść książki
Przejdź do opcji czytnikaPrzejdź do nawigacjiPrzejdź do informacjiPrzejdź do stopki
3.Analizametabolomu-zróżnicowanejchemiczniematrycy
TABELA3.1.Porównanieilościzidentyfkowanychmetabolitów,białek,genówiszlaków
metabolicznychuróżnychorganizmównapodstawieBioCycDatabaseCollection
Organizm
Metabolity
Geny
Białka
Szlaki
metaboliczne
EscherichiacoliK12
925
4468
4333
254
Saccharomycescerevisiae
667
819
808
138
Helicobacterpylori
553
1609
1566
145
Bostaurus
991
37664
35989
209
17
Wybórstrategiiidentyfikacjimetabolitówjestzdeterminowanyrodzajem
próbki(tkankaroślinnalubzwierzęca,liniakomórkowa,płynmózgowo-rdzenio-
wy;zob.rozdz.4,30–34),odczegozkoleizależydobórodpowiednichtechnik
analitycznych.Dotychczasniewybranojednejstrategiipozwalającejnaidenty-
fikacjęmetabolitów.Najbardziejjednakpowszechniestosujesięspektrometrię
mas,awszczególnościwysokorozdzielcząspektrometrięmas(dokładnośćco
najmniej1,5ppm),wspomaganąprzeztechnikiseparacji,takiejakchromatogra-
fiacieczowaigazowaorazelektroforezakapilarna.RównieżNMR(ang.nuclear
magneticresonance;jądrowyrezonansmagnetyczny),detekcjaelektrochemiczna,
spektroskopiaIR(ang.infraredspectroscopy;spektroskopiawpodczerwieni),UV
(ang.ultravioletspectroscopy;spektroskopiawultrafiolecie)czyfluorescencyjnasą
technikami,któremogąbyćwykorzystanewanaliziemetabolomu.Należyjednak
pamiętaćoograniczeniachposzczególnychmetod,np.GC-MSzapewniabardzo
dużąpowtarzalność,apoprzezzastosowaniekolumnkapilarnychtakżewysoką
rozdzielczośćrozdziału,alemaograniczonezastosowaniezewzględunalotność
próbkilubjejtermolabilność.DodatkowymatutemGC-MSjestistnieniebibliotek
widmmasowych(np.NIST),któreułatwiająidentyfikacjępróbki.Bardzoczęsto
widmaanalizowanychsubstancjiniesąjeszczeuwzględnionewtakichzbiorach.
Chromatografiacieczowawpołączeniuzespektrometriąmasijonizacjątypuelec-
trospraymożebyćtrudnawzastosowaniudlapewnychklasmetabolitów,np.
steroidów.Wynikatoniekiedyzograniczonejwydajnościjonizacjiniektórych
związkówlubtzw.supresjijonizacji,gdyniebyłomożliwerozdzieleniewszyst-
kichskładnikówpróbki.
Wanaliziemetabolitówbardzoważnejestwłaściweprzygotowaniepróbki,
wybórodpowiednichmetodekstrakcji,homogenizacjiitp.Dotychczasbrakwy-
nikówstandaryzacjitychmetod,copowodujeproblemywpowtarzalnościwyni-
kówuzyskiwanychwróżnychlaboratoriach,anawetprzezróżnycheksperymen-
tatorówwtymsamymzespolebadawczym.
Strategiestosowanewanaliziemetabolomu(wgpodziałuzaproponowanego
przezFiehna,2001)to:
1.Analizaokreślonegometabolitulubgrupymetabolitów(ang.targetedana-
lysis).Strategiataumożliwiaanalizęznajwiększączułością,gdyżwykorzystuje
najbardziejukierunkowanemetody,np.doidentyfikacjidisacharydów.
2.Analizailościowagrupymetabolitów,np.wyselekcjonowanegoszlakume-
tabolicznego(ang.metaboliteprofling).
3.Metabolomika:całościowaanalizailościowabadanegoorganizmu,komórki.
