Treść książki

Przejdź do opcji czytnikaPrzejdź do nawigacjiPrzejdź do informacjiPrzejdź do stopki
METODYBIOLOGIIMOLEKULARNEJWIDENTYFIKACJIZMIANGERMINALNYCHISOMATYCZNYCHWCHOROBACHPŁUC
16
wykorzystującepomiarilościsubstancjispecyfczniewiążącejsięzDNA
lubRNA.PomiaryDNA/RNAotrzymanegozbloczkówparafnowychwy-
konywanenaspektrofotometrachzwykleobarczonedużymbłędem
zuwaginaobecnośćwizolaciewieluzwiązkówzakłócającychodczyt.
Matoszczególeznaczenie,gdywybranametodaanalitycznaopartajest
natechnologiiqPCRlubsekwencjonowaniunastępnejgeneracji,gdzie
precyzyjnypomiarmaznaczeniedlapowodzeniacałejprocedury.Moż-
natakżezastosowaćocenęilościijakościDNAopartąnailościowejre-
akcjiqPCR.Takitestoceniarównieżstopieńdegradacjimateriałuimoże
wskazaćnakoniecznośćodstąpieniaoddalszejanalizyiwyboruinnego
preparatu.
WmomenciekiedydysponujemyjużwyizolowanymDNA/RNAwwystar-
czającejdobadańmolekularnychilościistopniuczystości,możnaprzy-
stąpićdowyborutechnikioznaczaniamutacji.Wybierającmetodę,należy
zwrócićuwagęnanastępująceparametry:dostępnośćtechnologiioraz
wymaganegodoniejsprzętu,czułośćispecyfcznośćmetody,czasnie-
zbędnynaprzeprowadzeniekompletnejanalizy,zakresinformacyjności
otrzymywanychwyników.Czasjestuzależnionyodzastosowanejmetody
detekcjimutacji.MetodyopartenasamejreakcjiPCR,np.qPCR,charaktery-
zująsięnajkrótszymczasem,ponieważwynikmożnauzyskaćjużnapozio
-
miepierwszejreakcji,natomiastwielkoskalowemetody,takiejaksekwen-
cjonowanienastępnejgeneracji(ang.
nextgenerationsequen
cing-NGS),
wymagająznaczniewięcejczasuzewzględunawieloetapowośćprocesu.
AnalizactDNA
DooznaczeniactDNAwykorzystujesiękrewobwodowąpacjentawilo-
ściod8do10ml,coodpowiada4-5mlosocza(poodwirowaniukrwi).
Krewmusibyćpobranawsposóbminimalizującymożliwośćrozpaduko-
mórekkrwi,awięcsystemem(np.motylkowym)pozwalającymnaswo-
bodnyipowolnywypływkrwizżyły.Istotnejest,abykrewbyłapobie-
ranadoprobówekdedykowanychdoprzechowywaniaiizolacjictDNA,
którezawierająstabilizatoryzapobiegająceliziekomórekjądrzastychkrwi
iuwalnianiuznichDNA.Pojawieniesię,wskuteklizykomórekjądrzastych
krwi,DNAnienowotworowegospowodowałobyzmniejszenieodsetka
ctDNAwpróbcewzględemcałkowitejilościDNAiwrezultaciemogłoby
uniemożliwićoznaczeniemateriałupochodzącegoznowotworu.Należy
równieżzwrócićszczególnąuwagęnawarunkiprzechowywaniasamych
probówek-jeszczeprzedpobraniemmateriału:niemożnaichzbytnio