Treść książki
Przejdź do opcji czytnikaPrzejdź do nawigacjiPrzejdź do informacjiPrzejdź do stopki
B–SYSTEMATYKA
B3.Analizyfilogenetyczne
napodstawiesekwencji
genurRNA
Podstawowepojęcia
Filogenezabakterii
Dziękipojawieniusięmolekularnychmetod
filogenetycznychwlaboratoriachmikrobiologicznych
możnaprowadzićwięcejanalizfilogenetycznych.
Pojęciezegara
molekularnego
RNArybosomowy
(rRNA)
Otrzymywanie
sekwencjigenu
16SrRNA
Analizy
bioinformatyczne
genu16SrRNA
ZmianywDNAlubsekwencjiaminokwasowejbiałek,
zachodzącewdługimokresie,mogąbyćwskaźnikiem
ogólnychzmianewolucyjnych,jakiezaszłyodmomentu
pojawieniasięwspólnegoprzodka.Wybranyzegar
ewolucyjnypowinienwystępowaćuniwersalnie,
wykazywaćhomologięfunkcjonalnąicechowaćsię
konserwowanąsekwencją.Abymócodróżniaćokresy
zmiangwałtownychodokresówzmianpowolnych,
wybranacząsteczkapowinnazawieraćzarównoregiony
owysokimstopniukonserwacji,jakiregionyobardzo
wysokiejzmienności.
Sugerujesię,żeodpowiednimzegaremmożebyć
cytochromc,jednaktosekwencja16SrRNAzyskała
szerokąakceptacjęspołecznościbadaczy.Długość
sekwencjinukleotydowejtejcząsteczkinadajesiędo
stosowaniawwiększościprotokołówsekwencjonowania,
pozostawiaonajednakwątpliwościcodoprawidłowości
pewnychanalizfilogenetycznych.RibosomalDatabase
Projectzawierajużok1,4mlnsekwencjibakteryjnego
rRNA.
Doamplifikacjigenów16SrRNApochodzącychodróżnych
organizmówwykorzystujesięzestawystarterów
uniwersalnych,przyczymobecnienieistniejetakizestaw
starterów,dziękiktóremumożliwabyłabyamplifikacja
wszystkichznanychnaucegatunków.Wpopulacjach
mieszanychzestawystarterówmogączasemgenerować
fałszywewynikizpowodupowstawaniachimerycznych
produktówPCRzwięcejniżjednejmatrycy.
PoamplifikacjiizsekwencjonowaniuproduktuPCR16S
rRNAnależyustalićjegozależnościfilogenetycznezinnymi
sekwencjami.Napoczątkuotrzymanasekwencjamusi
