Treść książki

Przejdź do opcji czytnikaPrzejdź do nawigacjiPrzejdź do informacjiPrzejdź do stopki
32
2.Podstawygenetykiigenomiki
przypadkachumożliwiaróżnicowaniesekwencjiprawidło-
wychizmienionychnaskutekmutacji.
Dużazmiennośćliczbypowtarzającychsięmotywów
powoduje,żeminisatelityimikrosatelitydoskonałymi
markeramigenetycznymi.Dużaliczbaalleliwystępujących
wdanymlocuspredysponujetentyppolimorfizmudoana-
lizysposobudziedziczeniasiębadanychgenów.
Największenadziejewpraktycznymwykorzystaniumar-
kerówpolimorficznychwiążesięzanaliząSNP
.Powodem
tegojestliczbamiejsczmiennychwcałymgenomie,anie,
jakwprzypadkumini-czymikrosatelitów,liczbaalleli
wdanymlocus.Najczęściejspotykanyjestpolimorfizmdwu-
alleliczny,rzadkotrójalleliczny,natomiastprawdopodobień-
stwowystąpieniaczwartegoallelawdanymlocusjestbliskie
zera.Szacujesię,żewgenomieczłowiekajestokoło3milio-
nówmarkerówtypuSNP
,costanowiokoło90%wszystkich
różnicwsekwencji.Oceniasię,żetentyppolimorfizmu
DNAjestmutacyjniestabilniejszyniżpolimorfizmsekwen-
cjisatelitarnych.ŚrednioSNPwystępuje1na300-1000pz.
GęstośćinasycenieSNPniejednakidentycznedlacałego
genomu.Obszarem,gdzieobserwujesięnajwiększezagęsz-
czenie,jestlocusHLAnachromosomie6.Zdrugiejstrony
nachromosomieXzidentyfikowanonpustynieSNP”
,tj.frag-
menty,zktórychnajwiększymiałokoło1,7Mpz,gdzienie
wykrytożadnegoSNP
.Założeniemwykorzystaniaanalizy
SNPwbadaniachjestrównoczesnaidentyfikacjawielutych
markerówwdużychczęściachlubwręczwcałymgeno-
mie,coumożliwiatechnologiaopartanamikromacierzach
DNA.Planujesięnp.wykorzystanietypowaniaSNPwpro-
gnozowaniuwystąpieniakompleksowychchoróbcywiliza-
cyjnych,takichjakastma,cukrzyca,migrenaczychoroby
serca.Zmianygenetyczne,wtymzmianyprowadzącedo
występowaniachorób,zachodząwokreślonymntlegene-
tycznym”
.Jakwspomniano,analizaSNPumożliwiaopisanie
tegontła”
.Diagnostykamolekularnabędziewtakichprzy-
padkachpolegaćnaokreśleniuosobistego,indywidualnego
dlabadanejosobywzoruSNPiporównaniugozeznanym
wzoremSNPcharakterystycznymdladanejchoroby.Wiele
tegotypuinformacjiprzynosząbadaniapopulacyjneokreś-
lanewliteraturzeanglosaskiejjakoGWAS(ang.genome-
-wideassociationstudies).
WynikanalizySNPmożewprzyszłościstaćsiępodstawą
tworzeniagenetycznychnwizytówek”człowieka(por.http:ll
snp.cshl.org).
Naszawiedzaoorganizacjigenomuposzerzyłasięopoli-
morfizmzmiennejliczbykopiifragmentówDNA.CNV
(ang.copynumbervariation)obejmujedelecjeiduplika-
cjefragmentówchromosomów.Wgenomieczłowieka
zidentyfikowanoponad1500regionówCNViszacujesię,
żestanowitookoło12%jegowielkości.Przypuszczasię
też,żeczęstośćwystępowaniawiększościopisanychCNV
wpopulacjinieprzekraczakilkuprocent.Rozmieszczenie
CNVwgenomieniewydajesięcałkowicieprzypadkowe
ijestzwiązanezjegostrukturą.CNV
,podobniejakSNP
iinnetypypolimorfizmówsekwencjinukleotydowych,sta-
nowioosobniczymcharakterzedanegogenomu(danej
osoby),aniekiedyigrupyetnicznej.CNVmożebyćdzie-
dziczonyzpokolenianapokolenie,miećcharakterzmian
somatycznych-tkankowozależnych,możepowstawaćde
novo.PolimorfizmowitypuCNVprzypisujesięznaczenie
wprocesieewolucjigenomuwdużowiększymstopniuniż
np.mutacjompojedynczychnukleotydów.
Wykazano,żeCNVdotyczyokoło15%genów,których
mutacjemająznaczeniewpatologiimolekularnejznanych
choróbgenetycznieuwarunkowanych.Znanychjestobecnie
szeregchoróbnwrażliwych”nadawkęgenu.Duplikacjagenu
LMNB1jestodpowiedzialnazawystępowanieautosomalnie
dominującejpostacileukodystrofii(ADLD),aprzewlekłe
zapalenietrzustkimożebyćpowodowanemutacjąpunk-
towąwgeniePRSS1lubtriplikacjątegogenu.RolęCNV
wykazanowchorobieCharcota-Mariego-Toothatypu1A,
neurofibromatozietypu1czywpodatnościnazakażenie
wirusemHIV(liczbakopiigenuCCL3L1warunkujestopień
podatnościnazakażenie).WpływCNVnaobrazkliniczny
chorobyjestzkoleidobrzewidocznywprzebiegurdzenio-
wegozanikumięśni(ang.spinalmuscularatrophy,SMA).
Chorobawarunkowanajestnajczęściejhomozygotyczną
delecjąeksonu7genuSMN1.Modyfikatoremfenotypu
SMAjestgenSMN2,któregoliczbakopiiwpopulacjikształ-
tujesięodzeradosześciu.ImwiększaliczbagenówSMN2,
tymfenotypSMAjestłagodniejszy(genSMN2odpowiada
zaokoło15%aktywnegobiałkaSMN).Wykazanorów-
nież,żewpopulacjach,gdzietradycyjniedietaopartajest
(była)wdużymstopniunaspożyciuskrobi,liczbagenów
AMY1obecnąwślinie0-amylazęjestśredniowiększa,niż
wpopulacjachwykorzystującychinneskładnikiodżyw-
cze.WystępowanieCNVokazałosięteżcharakterystyczne
dlafragmentówsubtelomerowychwieluchromosomów.
Wregionachtychmapujesięwielerearanżacjimających
znaczeniekliniczne.
Wydajesię,żeczęstoobserwowanaasocjacjamiędzy
występowaniemCNViSNPawariantamiekspresjidanego
genumożebyćmodelowadlachoróbkompleksowych,
takichjakschizofrenia,autyzm,chorobaParkinsonaczy
Alzheimera.
2.3.4.Relacjegenotyp-fenotyp
Występowaniechoróbdziedzicznychjestspowodowane
mutacjamigenu(genów).Naobrazklinicznychorobyskła-
dająsiędodatkowotokdziedziczenia,typmutacjiodpowie-
dzialnejzadefektgenu,funkcjakodowanegoprzezgen
polipeptydu,wzajemnerelacjemiędzybiałkamiorazwpływ
genetycznychiśrodowiskowychmodyfikatorówfunkcji
genu(ryc.2.23).
Przykładyzależnościmiędzyrodzajemilokalizacjąmuta-
cjiwdanymgenieaobserwowanymfenotypemklinicz-
nymmożnaznaleźćwdystrofiitypuDuchenne’aiBeckera.