Treść książki

Przejdź do opcji czytnikaPrzejdź do nawigacjiPrzejdź do informacjiPrzejdź do stopki
6
1.Pozycjafilogenetycznabakteriiizasadyichtaksonomii
Polimerazaarcheonówjestogólnieznaczniebardziej
złożonaodpolimerazybakteryjnej,aponadtojej
budowajestzróżnicowanawobrębieróżnychgrup
taksonomicznychtychmikroorganizmów.Trans-
krypcjauArchaeawymagatakże,wodróżnieniu
odtranskrypcjibakteryjnej,apodobniejakueu-
kariotów,udziałuwieludodatkowychczynników
transkrypcyjnych,np.TFII.Strukturapromotorów
uarcheonówieukariotówjestpodobna-miejscem
przyłączeniapolimerazyRNAjestsekwencjaTATA
boxwpozycji-25,zamiasttypowejdlabakteriise-
kwencji-10.Także,mimojednakowegowspółczyn-
nikasedymentacjirybosomówprokariotycznych
(70Szarównoubakterii,jakiuarcheonów,wod-
różnieniuod80Sueukariotów),sekwencjanukleo-
tydowarybosomowego16SrRNAi5SrRNAar-
cheonówróżnisięznaczącoodrRNAbakteryjnych.
Różniceistniejątakżenaetapieinicjacjitranslacji;
ubakteriiinicjacjawymagaprzyłączeniadokodo-
nuinicjatorowego(AUG)zmodyfikowanejformy
metioniny(N-formylometioniny),uarcheonówzaś,
podobniejakueukariotów,inicjatorowytRNAnie-
sieniezmodyfikowanąmetioninę.Teiinneróżnice
powodują,żeodmiennajestwrażliwośćtranslacji
reprezentantówomawianychdomennaantybiotyki
hamującesyntezębiałka(np.chloramfenikol,strep-
tomycynęczykanamycynę,atakżenatoksynębło-
niczą;p.tab.1.2).
Cechyfizjologiczne
Zwracającąuwagęwłaściwościągatunkównależą-
cychdoArchaeajestichzdolnośćdożyciaweks-
tremalnychwarunkachśrodowiska.wśródtych
organizmówlicznehipertermofile(którewśród
bakteriirzadkością),halofile,atakżealkalofile
iacydofile.
Wieleważnychcechmetabolicznychodróż-
niaobiedomenyprokariotyczne.Jednąznichjest
spotykanawyłącznieuarcheonów(wtypieEury-
archaeota)zdolnośćdometanogenezy,czylibio-
syntezymetanuzróżnychsubstratów-dwutlenku
węglaiwodoru,dwutlenkuwęglaimrówczanu,
metanolu,metyloaminluboctanuwwarunkach
bezwzględniebeztlenowych.
Stwierdzonorównież,żewśródarcheonównie
występująfotoautotrofy(wykorzystującezwiązki
typuchlorofilu),spotykaneubakterii.Ciekawejest
też,żewśróddotychczaspoznanycharcheonównie
zidentyfikowanoanijednegopatogenu.
Ponieważliczbapoznanychgatunkówarche-
onów,wstosunkudoliczbygatunkówbakterii,
jestniewielka,niemożnaostatecznieprzesądzać,
żepodanewyżejinformacjedotycząceichwła-
ściwościfizjologicznych(zwłaszczabrakupew-
nychtypówreakcjimetabolicznych)ostateczne.
Wartoteżnadmienić,żeniektóregatunkizidenty-
fikowanoizaklasyfikowanododomenyArchaea
jedynienapodstawieanalizy16SrDNAobecnego
wpróbkachśrodowiskowych,natomiastnigdynie
zostałyonewyizolowanewpostaciczystychkul-
tur(odnosisiętogłówniedotypówKorarchaeota
iNanoarchaeota).
1i3iKLASYFIKACJAINAZEWNICTWO
BAKTERII
Podobniejakinneorganizmy,bakterieklasy-
fikowanewkategoriachułożonychhierarchicznie,
poczynającodgatunków,poprzezrodzaje,rodzi-
ny,rzędy,klasy,typydodomen.Doniedawna
klasyfikacjabakteriinieodzwierciedlaławpełni
ewolucyjnegopokrewieństwamiędzytymiorga-
nizmami.Sytuacjazmieniłasięradykalniedzięki
zastosowaniukryteriówmolekularnych.Drugie
wydanieBergey’smanualofsystematicbacterio-
logygrupujeiprzedstawiabakterieorazarcheony
zuwzględnieniemichnowoczesnejtaksonomii-
logenetycznej.Dodatkowo,danetaksonomiczne
bakterii(alerównieżarcheonówieukariota)zosta-
łyzgromadzonewinternetowejbazieNCBI-The
NationalCenterforBiotechnologyInformation
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy).
1.3.1.Koncepcjagatunkuuprokariotów
Wświecieroślinizwierzątgatunekdefiniujemy
jakozbiór(grupę)osobników,wktóregoobrębie
możezachodzićprocesrozmnażaniapłciowego,da-
jącypłodnepotomstwo,aktóryjestreprodukcyjnie
izolowanyodinnychgruporganizmów.Takadefi-
nicjajestnajpowszechniejakceptowana,aczkolwiek
mapewneograniczenia(np.przypadkirozmnaża-
niapartenogenetycznego).Niestetyniemożnajej
odnieśćdoprokariotów,którehaploidalneiroz-
mnażająsięaseksualnie.Niemniejjednakpojęcie
gatunku(species)wmikrobiologiiistnieje,chociaż
brakjestoficjalnej,ogólniezaakceptowanejdefinicji
gatunkuubakteriiiarcheonów.
Definicjagatunkuprokariotycznego,podobnie
jakwspółczesnepoglądynaorganizacjętaksono-
micznąifilogenezętejgrupyorganizmów,ulega