Treść książki

Przejdź do opcji czytnikaPrzejdź do nawigacjiPrzejdź do informacjiPrzejdź do stopki
16
1.Pozycjafilogenetycznabakteriiizasadyichtaksonomii
amplifikacjiDNApowstałewwynikureakcjiPCR
zwykorzystaniemjakomatrycyDNAwyizolowa-
negozpróbkiśrodowiskowej.Dokonstrukcjiam-
plikonówwykorzystujesięstarteryumożliwiające
amplifikacjęodpowiednichmarkerówmolekular-
nych(przedstawionewpodrozdz.1.4.2),zwykle
genu16SrRNA.Uzyskaneamplikonynastęp-
niesekwencjonowane,aanalizabioinformatyczna
uzyskanychsekwencjipozwalanawglądwróżno-
rodnośćmikroorganizmówzdanegośrodowiska.
Wwynikuprzeprowadzeniategotypuana-
lizydlaśrodowiskcharakteryzującychsiędużą
bioróżnorodnościązwykleotrzymujemybardzo
wielewyników(różnychsekwencjigenówmarke-
rowych,cokorelujezdużąliczbąróżnychmikro-
organizmów),atoznacznieutrudniaprowadzenie
dalszychanaliz,np.przygotowaniedrzewfiloge-
netycznych.Wprowadzonozatemtzw.operacyjną
jednostkętaksonomiczną(OTU,ang.operational
taxonomicunit),stanowiącągrupęorganizmów,
uktórychanalizowanygenmarkerowyróżnisię
niewięcejniżprzyjętypoziomodcięcia,np.3%.
Stosującoperacyjnejednostkitaksonomiczne,
zmniejszamyliczbęanalizowanychsekwencji,co
pozwalanałatwiejsząwizualizacjęuzyskanych
danych(czyli,wpraktyce,mniejgałęzinadrzewie
filogenetycznym).
Szybkirozwójtechniksekwencjonowaniano-
wejgeneracjispowodował,żebadaniametageno-
micznedostarczającorazwiększejilościdanych.
Dziękizwiększeniuliczbyodczytówotrzymywa-
nychwwynikupojedynczegosekwencjonowania
możliwestajesięuzyskaniecorazdłuższychzłożeń
wpostacitzw.kontigówsekwencji(ang.contig),
czylitzw.sekwencjiciągłych,atozkoleidajecoraz
głębszywglądwmetagenomy.Kolejnymetapem
wbadaniachmetagenomicznych,którystajesięjuż
corazbardziejosiągalny,jestmożliwośćskładania
pełnychgenomówbakteriiiarcheonównapodsta-
wiedanychuzyskanychzsekwencjonowaniaDNA
środowiskowego.Pozwolitowłatwysposóbprze-
prowadzaćanalizygenomicznenawettychmikroor-
ganizmów,którychniepotrafimyhodować.
1i6iBERGEY’SMANUALOFSYSTEMATIC
BACTERIOLOGYITHEPROKARYOTES
Wroku1923DavidBergey,profesorbakteriolo-
giinaUniwersytecieStanowymwPensylwanii,
zainicjowałwydanieksiążkiBergey’smanualof
determinativebacteriology,która,mimożeni-
gdyniezostałauznanaoficjalniezaźródłoobo-
wiązującejsystematykibakterii,wistocieodlat
pełnitakąrolęwśródmikrobiologów.Rozszerzo-
na(czterotomowa)postaćdziełapt.Bergey’sma-
nualofsystematicbacteriologystanowiłaprzez
kilkadziesiątlatkompendiumwiedzyoorgani-
zmachprokariotycznych,będącjednocześnieklu-
czemdoichoznaczania.Ponieważdoniedawna
nieistniałafilogenetycznasystematykabakterii,
klasyfikacjaprokariotówzastosowanawkolejnych
wydaniachdzieła(zwanegopotocznienBergey-
em”)byłagłówniefenetyczna(opartanacechach
fenotypowych).Każdaz33sekcji,naktórebyło
podzielonetodzieło,opisywałagrupęprokariotów
charakteryzującychsiękilkomawspólnymi,łatwy-
midookreśleniacechami,imiałatytuł,któryte
właściwościsygnalizował.Cechyużytedodefinio-
waniaopisywanychgrup,np.morfologiakomórki,
barwieniemetodąGrama,ruchliwość,obecność
endospor,zależnośćodtlenuitp.,tocechydiagno-
stycznepowszechniewykorzystywanedoidentyfi-
kacjiprokariotów.
Wroku2001pojawiłsiępierwszytomnowe-
go,zmienionegonBergeya”,któryzachowałjed-
naktradycyjnyjużtytułBergey’smanualofsyste-
maticbacteriology-SecondEdition.Największe
zmianywynikajązwłączeniawieluinformacji
uzyskanychnapodstawieanalizysekwencjirybo-
somowegoRNA,któreuzupełniajądanetaksono-
miitradycyjnej.
Innym,bardzoważnymźródłemwiedzyoor-
ganizmachprokariotycznychjestdziełoThepro-
karyotes,którejestsystematycznieuaktualniane,
wmiarępojawianiasięnowychdanychdotyczą-
cychtaksonomiiifilogenezy.
Obieksiążki-Bergey’smanualofsystematic
bacteriologyiTheprokaryotes-dlamikrobio-
logówpodstawowymźródłemwiedzyowłaściwo-
ściachmorfologicznychifizjologicznychorgani-
zmówprokariotycznych,atakżeoichtaksonomii
ifilogenezie.
Literaturauzupełniająca
BrownT.A.2009.Genomy.Rozdz.19.Filogenetykamoleku-
larna.s.597-628.Wyd.Nauk.PWN,Warszawa.
Bergey’smanualofsystematicbacteriology.2001,tom1;
2005,tom2;2009,tom3;2010,tom4;2012,tom5.(2.
wyd.).Springer-Verlag,NewYork,Berlin,Heidelberg.
CoenyeT.,GenversD.,vandePeerY.,VandemmeP.,Swings
J.2005.Towardsaprokaryoticgenomictaxonomy.FEMS
Microbiol.Rev.29:147-167.