Treść książki
Przejdź do opcji czytnikaPrzejdź do nawigacjiPrzejdź do informacjiPrzejdź do stopki
8
1.Pozycjafilogenetycznabakteriiizasadyichtaksonomii
Tabela1i3iTaksonomicznahierarchiawybranychbakterii
Gatunek
(Species)
Escherichiacoli(pa-
łeczkaokrężnicy)
Bacillussubtilis(la-
seczkasienna)
Micrococcusluteus
(pakietowiecżółty)
Rodzaj
(Genus)
Rodzina
(Family)
Rząd
(Order)
Klasa
(Class)
Typ
(Phylum)
Domena
(Domain)
Escherichia
Enterobac-
teriaceae
Bacillaceae
Entero-
bacteriales
Bacillales
Gammaproteo-
bacteria
Proteobacteria
Bacilli
Firmicutes
Bacteria
Bacillus
Bacteria
Micrococcus
MicrococcaceaeActinomycetalesActinobacteria
Actinobacteria
Bacteria
Wpewnychprzypadkachwyróżnianesądodatkowepodjednostki,np.podklasy(Actinobacteridae),podrzędy(Micrococcineae).
Uwaga:wtejksiążceprzyjętokonwencjępisanianazwwszystkichtaksonówkursywą(wg:Bergey’smanualofsystematicbacteriology).
hybrydyzacjiDNAod20do70%będązaliczane
dotegosamegorodzaju.Rodzajesągrupowane
wrodziny,tezkoleiwrzędy,następnieklasyitak
ażdonajwyższejjednostkitaksonomicznej-do-
meny.Przykładytaksonomicznejhierarchiiwybra-
nychbakteriiprzedstawionowtabeli1.3.
1.3.2.Zasadynazewnictwa
Nazewnictwobinominalne,wprowadzoneprzez
Linneuszawodniesieniudozwierzątiroślin,obo-
wiązujerównieżwmikrobiologii.Oznaczato,że
każdemugatunkowibakteriilubarcheonanadaje
siędwuczłonowąnazwę(tradycyjniejesttonazwa
pochodzeniałacińskiegolubgreckiego).Składasię
onaznazwyrodzaju,doktóregonależydanyorga-
nizm,inastępującegoponiejnspecyficznegoepite-
tu”-identyfikującegogatunekwobrębierodzaju.
Wtejksiążce,zgodniezregułamiprzyjętymi
wBergey’smanualofsystematicbacteriology,na-
zwywszystkichtypówtaksonówsąpisanekursy-
wą,coniejestjednakpowszechnieakceptowane,
iwinnychźródłach(szczególniebrytyjskich)czy-
telnikmożesięspotkaćzzapisemkursywąjedynie
nazwtrzechnajniższychtaksonów.Nazwyniektó-
rychtaksonówmająstandardowekońcówki:np.
rodzinan-aceae”(np.Enterobacteriaceae,Chro-
matiaceae),arządn-ales”(Enterobacteriales,
Chromatiales).
Bywa,żebakteriazostałascharakteryzowa-
nawstopniupozwalającymzaklasyfikowaćjądo
któregośzeznanychrodzajów,aleniedogatunku
wobrębierodzaju.Otakiejsytuacjiinformujenas
nazwapodanawnastępującejformie–Thioba-
cillussp.;zkoleizapisThiobacillusspp.oznacza
różnegatunkizrodzajuThiobacilluslubwszystkie
gatunkiztegorodzaju.
Jeżelizostanieodkrytanieznanadotychczasbak-
teriaiuznanazanowygatunek(lubrodzaj),obowiąz-
kiemodkrywcyjestnadaniejejnazwyzgodniezza-
leceniamiMiędzynarodowegoKoduNomenklatury
Bakterii(ang.InternationalCodeofNomenclature
ofBacteria),zwanegoteżKodemBakteriologicz-
nym(ang.BacteriologicalCode),iopublikowanie
jejopisuwczasopiśmienaukowym(najlepiejInter-
nationalJournalofSystematicandEvolutionaryMi-
crobiology,IJSEM),atakżezdeponowanieczystej
kulturywdwóchautoryzowanychkolekcjachszcze-
pów.Zdeponowanyszczepjestokreślanymianem
szczeputypowego,czyliwzorcowegowobrębiega-
tunku(ang.typestrain).Otrzymujeonswójnumer
identyfikacyjnywkażdejzkolekcjiszczepów(np.
ATCC1234T).Znimwłaśniebędąporównywane
kolejne,izolowaneniezależnieszczepytegogatun-
ku,otrzymująceinnenumeryidentyfikacyjne.Jeżeli
nowygatunekzostałopisanywinnymczasopiśmie
naukowymniżIJSEM,tokopiategoartykułumu-
sizostaćwysłanadoIJSEM,gdzienazwanowego
organizmuzostanieuprawomocniona,zanimzosta-
niezaakceptowanajakonowytakson.Czasopismo
IJSEMpublikujeokresowozaaprobowanąlistęnazw
nowychbakteriiiarcheonów.
Jeśliniedasięspełnićwyżejwymienionych
warunków(gdyżnp.nieudajesięotrzymaćczystej
kulturytejbakterii),nazwęnowegogatunkupisze
sięwcudzysłowie,prostymdrukiem,poprzedzając
jąsłowemCandidatus(np.nCandidatusKuenenia
stuttgartiensis”).
1.3.3.Najważniejszetypyiklasy
taksonomicznebakterii
Podręcznikzawierainformacjedotyczącebakterii
należącychdo15typówtaksonomicznych(phyla),
