Treść książki

Przejdź do opcji czytnikaPrzejdź do nawigacjiPrzejdź do informacjiPrzejdź do stopki
10
1.Pozycjafilogenetycznabakteriiizasadyichtaksonomii
mikroaerofile)ibeztlenowce,żyjąceswobodnie
lubzwiązanezpewnymizwierzętami(stawo-
nogi,mięczakiikręgowce,wtymludzie).Nie-
którepatogenamiczłowieka.Typzawiera
jednąklasęSpirochaetia.
.
Tenericutes.Typzawierajednąklasę-Mol-
licutes,któradoroku2009byłazaliczanado
typuFirmicutes.Małe,pleomorficznebakterie
gramujemne,pozbawioneścianykomórkowej
iniezawierającegenówzwiązanychzbiosyn-
teząpeptydoglikanu(mureiny).Ichgenomcha-
rakteryzujemałazawartośćparG+C(23-34%).
komensalamibądźpasożytamikręgowców,
wtymczłowieka.
.
Thermotogae.Ekstremalnietermofilnepałecz-
kigramujemne,wyposażonewosłonępodobną
dopochewki(przypominającątogę,stądnazwa
typu).beztlenowcamiometabolizmiefer-
mentacyjnym.Typzawierajednąklasę(nTher-
motogae”).
.
Verrumicrobia.Typzawieratrzyklasy(Ver-
rumicrobiae,OpitutaeiSpartobacteria).Bak-
teriebarwiąsięgramujemnie.Wielegatunków
mabłonywewnątrzcytoplazmatyczne,wydzie-
lająceprzedziałykomórkowe.Większośćto
chemoorganoheterotrofy,preferencyjniewyko-
rzystującewęglowodany,wtymnaturalnepoli-
sacharydyozłożonejbudowie.
1i4iMETODYIDENTYFIKACJI
IKLASYFIKACJIBAKTERIIIARCHEONÓW
Identyfikacjaiklasyfikacjabakteriimożesię
opieraćnabardzoróżnychkryteriach,wtymna
szerokopojętychanalizachfenotypowychoraz
analizachprzeprowadzanychnapoziomieDNA
ibiałek.Poszczególnemetodyznajdujązastoso-
waniewróżnychdyscyplinachnaukiimedycyny.
Wrozdzialeprzedstawionozestawienienajpopu-
larniejszychtechnikidentyfikacjiiklasyfikacji
mikroorganizmów.
1.4.1.Analizyfenotypowe
Metodyidentyfikacjimikroorganizmówzwiązane
zanaliząfenotypowącorazrzadziejstosowane,
przedewszystkimzewzględunaichzawodność,
czasochłonnośćorazkosztochłonność.Niemniej
jednaknadalznajdująoneswychzwolenników(np.
diagnostykakliniczna),aponadto,niezaprzeczalnie
dostarczającennychdanychdotyczącychogólnej
charakterystykifenotypowejbadanychmikroorga-
nizmów.
Analizyaktywnościenzymatycznych
Poszczególnegrupymikroorganizmówcechująsię
specyficznymiwłaściwościami,którewynikają
zaktywnościenzymówprzezniewytwarzanych.
Właściwościtewykorzystujesięwidentyfikacji
mikroorganizmów,przyczymstosowanebardzo
różnetestydiagnostyczne.
Wdiagnostyceklinicznejstosunkowoczęsto
stosujesięwystandaryzowanezestawytestówbio-
chemicznych(np.testyAPI),któreumożliwiają
identyfikacjęgruplubgatunkówbakteriiigrzy-
bów,główniejednakznanychpatogenów(np.pa-
ciorkowcówienterokoków).TestAPIskładasię
zpaskazdwudziestomaminiprobówkami,wktó-
rychznajdująsięodwodnionesubstratyiodpo-
wiedniwskaźnikumożliwiającyodczytaniereak-
cji.Doposzczególnychprobówekdodawanajest
zawiesinabadanegomikroorganizmu,poczym
przeprowadzasięinkubacjęcałegopaskatestowe-
gowodpowiedniejtemperaturze.Zmianybarwy
wposzczególnychprobówkachwyznacznikiem
aktywnościenzymatycznej.Uzyskanewynikitwo-
rząspecyficznykod,któryjestnastępnieodczyty-
wanyzapomocądostarczonegoprzezproducenta
kluczadiagnostycznego.
Metodądostarczającąznaczniewiększejilo-
ścidanychmikromacierzefenotypowePM
Biolog(ang.BiologPhenotypeMicroArrays).
Stanowiąone,obokmikromacierzyDNAipro-
teomiki,trzeciątechnikęanalizyekspresjigenów
ipozwalająnajednoczesnebadaniesetekcech
fenotypowychkomórki.Dostępnelicznetesty
pozwalającebadaćzdolnośćdowykorzystywania
różnychźródełwęgla,azotu,fosforuorazsiarki
(łącznieok.800substratów),wzrostuwróżnym
pH,wrażliwościosmotycznejiwrażliwościna
działaniesubstancjichemicznych,np.antybioty-
ków.Metodapomiarubazujenaanaliziezmian
potencjałuoksydoredukcyjnego(naskutekoddy-
chaniakomórkowego),copowodujezmianęko-
loruznacznika(chlorektrifenylotetrazoliowy),
którajestodnotowywanaprzezspecjalneurzą-
dzenie.Mimożeuzyskanedanemająograniczo-
neznaczeniewidentyfikacjibakteriizewzględu
nabrakodpowiednichkluczyczyteżbazdanych
doporównań,tooneniezwyklecennepod-
czasogólnejcharakterystykimikroorganizmów.