Treść książki
Przejdź do opcji czytnikaPrzejdź do nawigacjiPrzejdź do informacjiPrzejdź do stopki
10
B–SYSTEMATYKA
Identyfikacjabakterii
Choćdoidentyfikacjiiklasyfikacjibakteriicorazpowszechniejstosujesięmetody
molekularne(rozdziałB3),większośćbadańidentyfikacyjnychprowadzonychwlabo-
ratoriachnacałymświeciewciążopierasięnatańszychmetodachbiochemicznych
imetodachbadającychwzrosthodowli.Cowięcej,pełnaidentyfikacjakażdejbakterii
spełniającastandardypublikacyjnemusibyćwieloetapowa,tj.obejmowaćmolekularną,
biochemicznąiodnoszącąsiędowzrostucharakterystykędanegoszczepu.Jeślibakterię
możnawyhodowaćzpróbkiklinicznejlubśrodowiskowej,pierwszymetapemprocesu
jejidentyfikacjiiklasyfikacjisąbadanianadjejwzrostem,poktórychnastępujeanaliza
enzymówwykrywanychwdanymszczepiei-wreszcie-molekularnaanalizagenomu.
Identyfikacjanapodstawiecharakterystykiwzrostu
Niezidentyfikowanyizolatbakteryjnymożebyćpasażowanynaróżnychrodzajach
podłożystałychipłynnychwceluusprawnieniajegoidentyfikacji.Ogólnierzeczbiorąc,
podłożadzieląsięnadwatypy:podłożaselektywneumożliwiająwzrostjednego
rodzajubakteriiprzyjednoczesnymzahamowaniuwzrostuinnychbakteriioraz
podłożaróżnicujące,zwaneteżpodłożamidiagnostycznymi,zawierającezreguły
jakiśwskaźnik,któregozmiana(np.koloru)powiązanajestzpewnąunikatowąwłaści-
wościąbiochemicznądanejgrupydrobnoustrojów(rozdziałC3).Jeśliudasięuzyskać
czystąkulturęszczepu,możnaprzeprowadzićbarwienieGramaianalizęmorfolo-
giczną.Pouzyskaniupełnegoobrazuwzrostuorganizmuprzeprowadzasięszczegó-
łowąanalizęzdolnościwykorzystywaniaprzeztenorganizmcukrów(isprawdzasię,
czywtrakcieichrozkładuprodukowanyjestkwas),atakżestwierdzasięwystępowanie
określonychenzymów.Właściwościpodsumowujesięiokreślaichwartośćpunktową,
zestawiającjązeznanymiwłaściwościamiinnychorganizmów,czegowynikiemjest
podstawowataksonomianumeryczna.Możnanabyćodpłatnezestawypółautoma-
tyzującecałyproces,aleograniczająsięonetylkodowybranychgrupprokariotów,
wszczególnościdobakteriijelitowych.Wprzypadkuwiększościizolowanychześrodo-
wiskaniepatogennychbakteriiiarcheonówwskazóweknależyszukaćwpoświęconym
identyfikacjiprokariotówBergey’sManualofSystematicsofArchaeaandBacteria.
Innemetodyidentyfikacji
Jeślidanyorganizmmożebyćhodowanywtychsamychwarunkachcowieleinnych
szczepówreferencyjnych,mikrobiologdysponujedodatkowymimetodamiidentyfi-
kacji.Lipidyczystejkulturymogązostaćpoddaneekstrakcji,estryfikacji,anastępnie
badaniuzapomocą(chromatografiigazowej[GC].MetodaFAMEwymagaporów-
naniakomputerowegouzyskanychwynikówzeskłademlipidowyminnychorgani-
zmówhodowanychdokładniewtensamsposóbnadokładnietakimsamympodłożu.
Jesttoproceduraszybkainiedroga,jednakskomplikowanymożebyćprocesinterpre-
tacjiimożeniedaćsięgoprzeprowadzićwodniesieniudoorganizmówrozwijających
sięwnietypowychwarunkach.ProfilFAMEkażdegoorganizmuzmieniasięwzależ-
nościodwykorzystywanegopodłożahodowlanego.Wariantemomawianejmetodyjest
