Treść książki
Przejdź do opcji czytnikaPrzejdź do nawigacjiPrzejdź do informacjiPrzejdź do stopki
16
B–SYSTEMATYKA
zkońca5’genudanegogatunkuikońca3’genuinnegogatunku.Choćdoeliminacjibłęd-
nychsekwencjizwynikówkońcowychsłużąprogramykomputerowe,wsytuacjigdy
analizowanesąorganizmyrzadkowystępującelubdotądniezidentyfikowane,wykrycie
błędówmożenastręczaćtrudności.Ztegowłaśniepowoduistniaływątpliwości,czy
wdomeniearcheonówpowinienbyćwydzielanytypKorarchaeota.Dziesięćlatbadań
tychorganizmówpotwierdziło,żejesttowcześnieodgałęziającasięgrupaarcheonów.
Analizybioinformatycznegenu16SrRNA
PoamplifikacjiizsekwencjonowaniuproduktuPCRgenu16SrRNAnależyustalićjego
zależnościfilogenetycznezinnymisekwencjami.Nawstępnerozeznaniebliskich
pokrewieństwpozwalajegoprzyrównaniedojednejlubwieluznanychsekwencji.
MożnategodokonaćzapomocąprogramówtakichjakBLAST(NarodoweCentrum
InformacjiBiotechnologicznej).Abyzyskaćrzeczywistywglądwzależnościfilo-
genetyczne,sekwencjagenu16SrRNApowinnabyćjednocześnieporównywanazjak
największąliczbąinnychsekwencji.
Napoczątkuotrzymanasekwencjamusizostaćprzyrównanadowszystkichlubwybra-
nychsekwencjipozyskanychwcześniej.Ponieważgeny16SrRNAmogąróżnićsię
długością,wceluosiągnięciaidealnegoprzyrównaniamożnawykorzystaćprogramy
takiejakCLUSTAL(EuropejskiInstytutBioinformatyki,EBI).Przyrównanesekwencje
sąnastępnieprzycinane,takbykońce5’i3’byłyodpowiadającymisobiezasadami,
poczymzostająwczytanedoprogramugenerującegodrzewofilogenetyczne.
Idealneprzedstawieniezależnościfilogenetycznychpowinnomiećcharakterwielo-
wymiarowy,alebiorącpoduwagęograniczeniatrójwymiarowościnaszegowszech-
świataito,żewnauceprzyjęłasiękonwencjaprzedstawianiadwuwymiarowego
wformiedrukowanej,„drzewo”jestdobrymkompromisem.Dojegoopracowania
służądwagłównealgorytmy:łączeniesąsiadówimaksymalnaparsymonia.
Łączeniesąsiadówtometodaopartanadystansieewolucyjnymibazującanamacierzy
różnicwzbiorzedanych.Gałęziepowstającegowtejprocedurzedrzewamajądługość
proporcjonalnądodystansuewolucyjnego,dostosowanąstatystycznienaokolicz-
nośćmutacjiwstecznych.Maksymalnaparsymoniatotrudniejszedoomówieniazagad-
nienie,ponieważgałęziepowstającegotąmetodądrzewamajądługośćproporcjonalną
dominimalnejzmianywsekwencjikoniecznejdopowstanianowejgałęzi.
Zzastosowaniemdwóchomówionychmetodzjednegozbiorudanychmożnaotrzymać
drzewaróżniącesiępewnymiszczegółami,np.liczbągałęzi.Abyotrzymaćprzybli-
żonąsumęwszystkichmożliwychdrzew,stosujesiętzw.bootstraping,dziękiktóremu
uzyskujesięwartośćufnościdlaobecnościkażdejzgałęzi.Cowięcej,drzewaoparte
nametodziełączeniasąsiadówidrzewaparsymonicznenapodstawietegosamego
zbiorudanychmogądawaćzupełnieinnewyniki,stądteżżadnaztychmetodnie
jestuważanaza„słuszniejszą”
.Dlategożadnedrzewoniepowinnobyćuważaneza
najlepszymożliwywynikuzyskanynapodstawiedostępnychdanychiniepowinno
onounieważniaćżadnychinnychinformacji.
