Treść książki
Przejdź do opcji czytnikaPrzejdź do nawigacjiPrzejdź do informacjiPrzejdź do stopki
Sekwencjonowanienastępnejgeneracji
genomu(tzn.eksom-wholeexomesequencing,WES),anawetcałygenom(whole
genomesequencing,WGS).Poszczególneopcjeróżniąsięilościąijakościąuzyska-
nychdanychbioinformatycznychorazceną.Wybórwartodostosowaćdosytuacji
klinicznej.
15
Panelegenowe
Wprzypadkupaneligenowychuzyskujemydobrejjakościdaneookreślonych
grupachgenów,np.wiązanychzdystrofiąobręczowo-kończynową.Wybórgenów
analizowanychwdanympaneluzależyjednakodlaboratoriumoferującegodany
zestaw.Przedzleceniembadaniawartozatemprzejrzećlistęgenówobjętychba-
daniem.Takiepodejściediagnostycznewydajesięmetodązwyboruwprzypadku
określonego,jużzawężonegopodejrzeniaklinicznego.
Badanieeksomu(WES)
Sekwencjonowanieeksomowedajeinformacjeosekwencjiregionówkodujących
wszystkichgenów,czyliwprzybliżeniuo1,5%informacjizawartejwgenomie.
Szacujesię,żewobrębieeksomuzlokalizowanychjestokoło85%wariantów
sprawczychodpowiedzialnychzachorobymonogenowe.Cenądużejilościdanych
uzyskanychzanalizyeksomowejjestichgorszajakość,np.wporównaniuzbada-
niempanelowym.Dlablisko10%sekwencjinieuzyskujesiędanychoptymalnej
jakości(tzw.pokrycie).Tymsamymocenawystępowaniawariantówwtychre-
gionachjestograniczona/niemożliwa.Podejścieeksomowejestszczególnieuży-
teczne,jeślinapodstawieobrazuklinicznegoidotychczaswykonanychbadańnie
udałosięwysunąćkonkretnegopodejrzeniaklinicznegolublistagenówwiązanych
zdanymschorzeniem/grupąschorzeńjestbardzoszeroka.Analizędanychekso-
mowychmożnaprowadzićdwojako:albowkierunkudominującychupacjen-
taobjawówklinicznych,którewiązanesąwgalgorytmówibazdanych(Exomi-
ser,Phenomizer,OMIM,OnlineMendelianInheritanceinMan-bazadanych
owszystkichopisanychchorobachuwarunkowanychgenetyczniewystępujących
uczłowieka)zokreślonymigenami,alboanalizującwybranągrupęgenów(np.
wszystkiewiązanezchorobaminerwowo-mięśniowymi).Ogromnąrolęodgrywa
klinicysta.Odwłaściwiesprecyzowanegopytaniazależywdużejmierzeskutecz-
nośćuzyskaniawynikuinformacyjnego.ZarównowedługzaleceńACMG(Ameri-
canCollegeofMedicalGenetics–AssociationforMolecularPathology),jakiEu-
roGentest,danebioinformatycznesązawszeanalizowanewkontekścieobjawów
klinicznychpacjentaitylkowariantykorespondującezobrazemklinicznympo-
winnybyćsprawozdawane.Każdorazowonależyzatemokreślićzakresbadania
