Treść książki
Przejdź do opcji czytnikaPrzejdź do nawigacjiPrzejdź do informacjiPrzejdź do stopki
interpretacjawynikówmetodąsekwencjonowania
następnejgeneracji
interpretacjawynikówmetodąsekwencjonowanianastępnejgeneracji
17
OstatecznywynikbadaniaNGSjestefektemwspółpracyszereguspecjalistów:
informatyków,bioinformatykówidiagnostówlaboratoryjnych.Największymwy-
zwaniemanalizyNGSjestliczbauzyskiwanychdanychiichinterpretacjawkon-
tekścieklinicznym.Dlaprzykładuupojedynczegochoregowbadaniueksomu
uzyskujesię>90tys.różnicwporównaniuzeksomemreferencyjnym.Wprzy-
padkuanalizygenomutaliczbamożesięgaćkilkumilionów.Pozawężeniuilości
danychpoprzezodrzuceniewariantówczęstych(>5%wpopulacji)wanalizie
eksomupozostajedoocenyzwyklekilkatysięcyzmian.Dlategotakkluczowe
sąwskazaniakliniczne-podanieobjawówchoroby,wkontekściektórychrozpa-
trywanebędąuzyskanedane,lubzakresuanalizybadanychgenów.Wprzypadku
ograniczeniaanalizydopanelunerwowo-mięśniowego(ponad600genów)szcze-
gółowejanaliziepoddawanychjestokoło200wariantów.Analizapatogenności
wariantówprowadzonaprzezdiagnostęlaboratoryjnegoobejmuje:typuszkodze-
nia(wariantynonsensowne,zmianysensu,splicingoweitd.),predykcjęinsilico
(patogennośćocenianąnapodstawieprogramówkomputerowych),częstośćwba-
zachdanych:genetycznych(zawierającychdaneosóbchorych,m.in.HGMD,
ClinVar,Varsome)ipopulacyjnych(osóbpotencjalniezdrowych,np.gnomAD,
bazywłasnedanegolaboratorium)orazanalizęsegregacji.Natejpodstawiedany
wariantjestklasyfikowanydojednejzpięciuklas:patogenny,prawdopodobnie
patogenny,wariantonieznanejpatogenności(VUS),wariantprawdopodobnie
łagodnyiłagodny.Istotnekliniczniesąwariantypatogenneiprawdopodobnie
patogenne.Tezwyklewiążąsięzchorobąisąraportowanewwyniku.Najtrud-
niejszymelementemjestocenawariantówonieznanejpatogenności,czylitakich,
którychnaobecnympoziomiewiedzyniemożemyjednoznacznieanipowiązać
zobjawami,aniteżzdyskwalifikować.Kluczowymelementemocenypatogen-
nościjestrównieżanalizasegregacjizmianwrodzinie,toznaczysprawdzenie,
czydanywariant(y)występuje(-ą)urodziców/rodzeństwa.Wprzypadkuchorób
odziedziczeniuautosomalnymrecesywnymkoniecznejestpotwierdzeniewystę-
powaniawariantówwukładzietrans,czylioburodzicielskiegopochodzeniezmian
(pojednymwariancieodkażdegorodzica).Zdarzasiębowiem,żedwawarianty
wtymsamymgeniewystępująnajednymallelu(pochodząodjednegorodzi-
ca)-wówczasniemająoneznaczeniaklinicznego.Zkoleiobecnośćwariantu
odziedziczeniuautosomalnymdominującymuzdrowegobezobjawowegorodzica
podważajegopatogenność.Analizasegregacjiwrodzinieniejednokrotniezmienia
kwalifikacjępatogennościdanegowariantu.Wprzypadkuchorobyodziedziczeniu
autosomalnymrecesywnymwarianttypuVUS,którywystępujerazemzwarian-
tempatogennym,aanalizasegregacjipotwierdzaoburodzicielskiedziedziczenie,
