Treść książki
Przejdź do opcji czytnikaPrzejdź do nawigacjiPrzejdź do informacjiPrzejdź do stopki
38
3.BadaniaGenetyCznewCHoRoBaCHmitoCHondRiaLnyCH
chorobydiagnostykamolekularnabędzieskupiaćsięzatemtylkonatymjednym
genie.Spektrumwariantówpatogennychtegogenuwpopulacjipolskiejjestjuż
dobrzepoznane.Choćkilkaznichjestczęstszychodpozostałych,tozewzględu
nato,żejestichdośćdużo,awwielurodzinachwystępująwariantyprywatne,
sekwencjonowanieobszarukodującegogenuPOLGwrazzgranicamiekson-in-
tronjestrozsądnymrozwiązaniem.SekwencjonowaniegenuPOLGpowinnobyć
takżepierwszymkrokiempodczasdiagnostykimolekularnejchoróbzespektrum
ataksji-neuropatiioraz,wrazzgenemTWNKiewentualnieSLC25A4,wprzy-
padkupostępującejzewnętrznejoftalmoplegiizlicznymirozległymidelecjami
mtDNA.
NiedawnoukazałasiępracawiążącadziedzicznąneuropatięwzrokowąLebe-
razautosomalnymirecesywnymiwariantamigenuDNAJC30uosób,uktórych
wykluczonopatogennewariantymtDNA.Zaobserwowanoteżwyraźnyefekt
założyciela.Wydajesię,żeanalizategoniewielkiego,posiadającegotylkojeden
eksongenupowinnazostaćwprowadzonadodiagnostykimolekularnejLHON.
Sekwencjonowanienastępnejgeneracji
Uwielupacjentówograniczenieposzukiwaniamolekularnegopodłożaichchoro-
bydojednegogenulubkilkugenówjestdaleceniewystarczające.Wynikatoalbo
zfaktu,żezespółpodobnychobjawówskładającychsięnakonkretnądobrzezde-
finiowanąchorobęmożebyć,uróżnychosób,powodowanypatogennymiwarian-
tamiróżnychgenów,alboztego,żeobjawypacjentawprawdziewznacznymstop-
niuspełniająkryteriachorobymitochondrialnej,jednakniewpisująsięwżadnąjej
dobrzezdefiniowanąpostać.Ztądrugąsytuacjąmamyczęstodoczynieniauosób
dorosłych.Wtakimprzypadkupowykluczeniunajczęstszejprzyczynychoroby
alboodrazuwykorzystujesięsekwencjonowanienastępnejgeneracji,pozwalające
najednoczesnąanalizęwielugenów,anawetcałegogenomu(ryc.3.8).Podob-
niejakpodczassekwencjonowaniamtDNA,przyzastosowaniuNGSuzyskuje
sięwieleodczytówdlakażdejsekwencjonowanejpozycji,choćliczbytesięgają
kilkudziesięciu,aniesetekczytysięcyrazy(takiepokryciewystarczydooceny,
jakinukleotydznajdujesięwdanejpozycjinaobuallelach).Wzależnościod
potrzeb,możliwościiprzyjętychzałożeństosujesiękilkapodejśćdiagnostycz-
nych:odsekwencjonowaniapanelugenów,czylikilkudziesięciu,kilkusetlubkilku
tysięcygenówzwiązanychzdanąchorobąlubgrupąchorób(najszerszepanele
obejmująwszystkiegeny,któredotychczaspowiązanozchorobamigenetyczny-
mi),poprzezsekwencjonowanieeksomu,czyliwszystkichznanychobszarówule-
gającychekspresji(kilkaprocentgenomu),posekwencjonowaniecałegogenomu.
Wrazzewzrostemsekwencjonowanegoobszarunietylkowzrastakosztbadania
(coprzystalespadającychkosztachsekwencjonowanianiebawemmożeprzestać
miećznaczenie),aleprzedewszystkimzwiększasięilośćanalizowanychdanych
