Treść książki
Przejdź do opcji czytnikaPrzejdź do nawigacjiPrzejdź do informacjiPrzejdź do stopki
PozyskiwaniedanychmetodąPCR
29
Ryci1i17i(a)Obrazżeluuzyskanywprocesiesekwencjonowaniadideoksy:produktyreakcji
umieszczonowścieżkachoznaczonychHG”,HA”,HT”iHC”,wzależnościodtego,któryznukleotydów
przyjąłformędideoksy;ponieważfragmentynajmniejszemigrująnajszybciej,podążajączdołu
wgórę,jesteśmywstanieodtworzyćprzyrastaniesekwencji,takjaktopokazanopoprawejstronie
ilustracji;(b)przykładowyelektroferogramsekwencjistanowiącyefektkońcowysekwencjonowania
automatycznego:szczytyreprezentująceHT”sączerwone,HC”–niebieskie,HG”–czarne,
HA”–zielone;wprzykładziewykorzystanoregionrps16-trnQgenomucpDNAosokialoesowatej
(Stratiotesaloides);sekwencjęodczytujesięwporządkujejgenerowania,wtymprzypadku
odczytalibyśmyjąwięcnastępująco:TTTCGTTCTGAAitd.(linijkatekstuwgórnejczęściilustracji
odpowiadakolorowymszczytomponiżej)
etapy:pofragmentacjibiblioteki/przygotowaniubibliotekiamplikonównastępujewy-
kryciewłączonychnukleotydów(Glenn2011).TechnologieNGSmożepodzielićnadwie
głównekategorie:
–technologieopartenaPCR(czasaminazywanetechnologiamidrugiejgeneracji)
oraz
–technologiesekwencjonowaniapojedynczejcząsteczki,wramachktóregoprzed
sekwencjonowaniemniedochodzidoamplifikacjiPCR(czasemnazywanetech-
nologiamitrzeciejgeneracji).
Szczegółoweobjaśnienietychtechnologiiwykraczapozaramyobjętościoweniniej-
szegopodręcznika,aczkolwiekmożnasięznimizapoznaćdziękiwieluartykułomprze-
glądowym(naprzykładBleidorn2016;Glenn2011;Heather,Chain2016;Pareekiin.
2011;Reuteriin.2015).
Międzyomawianymitechnologiamiutworzyłasiępewnarównowagapodkątem
odchylenia(pojawiającegosiępodczasamplifikacjifragmentówwsekwencjonowaniu
drugiejgeneracji),kosztochłonnościipokrycia(naprzykładdługościągenerowanychse-
kwencji,nazywanychodczytami).Ogólnierzeczbiorąc,sekwenatorydrugiejgeneracji
