Treść książki
Przejdź do opcji czytnikaPrzejdź do nawigacjiPrzejdź do informacjiPrzejdź do stopki
30
Rozdział1.Genetykamolekularnawekologii
generująbardzodużokrótkichodczytów,podczasgdytechnologiasekwencjonowania
trzeciejgeneracjijestszybszaigenerujedłuższeodczyty,wzwiązkuzczymłatwiejje
zebraćwcałość(Bleidorn2016;Miyamotoiin.2014).Trzebajednakzauważyć,żewpo-
równaniuzsekwencjonowaniemdrugiejgeneracjiwyższyjestodsetekbłędów,aliczba
wyników(rozumianajakoliczbaodczytów)niższa;stądtotechnologiedrugiejgeneracji,
szczególniezaśplatformyprodukowaneprzezfirmęIllumina,jeszczeprzezwielelatbędą
używaneprzeznajwiększegronobadaczy(Bleidorn2016).Bądźcobądźwartozauwa-
żyć,żetechnologiebędąceawangardąsekwencjonowaniadrugiejgeneracjiodchodząjuż
dolamusa,naprzykładniezwyklepopularnatechnologiapirosekwencjonowania454
niejestjużwspieranaprzezRoche,firmęzajmującąsięjejdystrybucją.Najczęstszym
zastosowaniemHTSwbadaniachekologicznychsąmetody,zasprawąktórychmożna
wygenerowaćdużeilościdanychsekwencyjnychzpewnejczęścigenomu.Metodyteto
takzwanegenotypowanieprzezsekwencjonowanie(GBS)isekwencjonowanieRAD–
omówimyjewrozdziale2.Nakartachpodręcznikaczytelnikznajdziekolejneprzykłady
badań,wktórychwykorzystanoHTS.
BezwzględunawybranątechnologięHTSmożnawykorzystywaćtakżedobadania
ekspresjigenu,naprzykładdorozstrzygania,któregenyulegająekspresjiwdanychwa-
runkachśrodowiskowych.JakinformowaliśmywpodrozdzialepoświęconymqPCR,do
określaniaekspresjigenumożnaużywaćcDNApowstającegozmatrycyRNA.Cząstecz-
kimRNAwykryteuosobnikaodzwierciedlająpełenzasóbproduktówekspresjigenu,
znanytakżejakotranskryptom,dziękiczemustajesięmożliwezrozumieniegenówfunk-
cjonalnych.Sekwencjonowaniewysokoprzepustowetranskryptomu(transkryptomikato
naukazajmującasiętranskryptomamiiichfunkcjami)pozwalabadaczomprzeanalizo-
waćwielegenówlubwszystkie,któreuległyekspresji,awkonsekwencjisprawdzić,które
znich–atakżektórezwariantówdanegogenu–ulegająekspresjiwokreślonychtkan-
kach,wróżnychfazachrozwojuosobniczego,wodmiennychśrodowiskachitd.Trans-
kryptomjestoczywiścieowielemniejszyodcałegogenomu,ponieważodzwierciedla
jedyniegeny,któreuległyekspresji,stądowielełatwiejjestpoddaćHTSwłaśnieten
produkt,niżrekonstruowaćcałygenom.Przedpojawieniemsiętranskryptomikiopartej
naHTSnaukowcychcącywykryćgenypotencjalnieznaczącemusieliszukaćigływsto-
gusiana,naprzykładwtedy,gdymielizamiarokreślićgenotypwarunkującykonkretny
fenotyp;obecniejednakmożnajużporównywaćdużąliczbęgenówulegającychekspresji
uróżnychosobnikówiwróżnychfazachrozwoju.Jonesiin.(2015)wykorzystalimetodę
HTSdoporównaniatranskryptomówinwazyjnegoszkodnika–słonecznicyorężówki
(Helicoverpaarmigera),przyróżnejintensywnościlotówtegoowada.Udałoimsięziden-
tyfikowaćzestawgenówpowiązanychzfizjologicznymprzystosowaniemdolotównadu-
żychodległościach,wtymgenówwarunkującychwykorzystanietłuszczówjakopaliwa
dolotu,genówodpowiadającychzarozwinięciesięmięśniodpowiedzialnychzazdolność
lataniaorazgenówregulującychhormonybiorąceudziałwfizjologiiprzemieszczaniasię.
Eksperymentdotyczącysłonecznicyorężówkipolegałnaporównaniuróżnicujaw-
niającychsięwzależnościodintensywnościlotów.Innepodejściepoleganapozyskiwa-
niudanychtranskryptomowychzorganizmówbytującychwnaturalnychwarunkach–
jeśliuwzględniasięwjegoramachtakżedaneekologiczneimeteorologiczne,można
byjenazwaćpodejściemekologiitranskryptomu(Richardsiin.2009).Kobayashiiin.
