Treść książki
Przejdź do opcji czytnikaPrzejdź do nawigacjiPrzejdź do informacjiPrzejdź do stopki
1.2.Nomenklatura
1.2.Nomenklatura
33
Aminokwasywchodzącewskładbiałekotrzymały,zwyklezarazpoichodkryciu,nazwy
zwyczajowe,któredodzisiajsąpowszechniestosowane.Wtabeli1.1podanonajpopular-
niejszeaminokwasybiałkowewrazzichsymbolamiiwzorami.Obecnie,nowoodkryte
aminokwasynaturalnezalecasięnazywaćsystematycznie.Systematycznienazywanesą
równieżaminokwasysyntetyczne.Częstozamiastpełnychnazwaminokwasówbiałko-
wychstosujesięichsymbole,awłaściwietrójliteroweskróty.Okazałysięonebardzo
wygodneprzyzapisachsekwencjipeptydówibiałek.Zapistychzwiązkówzapomocą
symbolipozwalanietylkonaznaczneskrócenietekstupublikacji,aleczynigobardziej
przejrzystym,szczególniedlakrótkichiśredniejwielkościpeptydów.Wśródniewymie-
nionychwtabeli1.1symboliaminokwasówbiałkowychznajdujesięsymbolAsx,który
oznaczaAsplubAsnorazGlxoznaczającyGlulubGln.Wprowadzenietychdodatko-
wychskrótówjestuzasadnionetym,żewtrakciehydrolizybiałkagrupyamidoweulegają
przekształceniuwkarboksyloweiwhydrolizaciebiałkowymznajdujesięzawszekwas
asparaginowylubglutaminowyniezależnieodtego,czywbiałkuteaminokwasywy-
stępowaływpostacikwasów,czyteżamidów(asparaginylubglutaminy).Biolodzyibio-
chemicypowszechniestosująjednoliterowesymboleaminokwasówkodowanych.Sąone
szczególnieprzydatnedozapisusekwencjibiałek,którezawierajączęstonawetkilkaset
resztaminokwasowych.Jednoliterowesymboleaminokwasówzostałyzarekomendowane
przezIUPAC-IUBw1968roku.
Lokantyoznaczającepozycjegrupyfunkcyjnejlubpodstawnikawcząsteczceamino-
kwasupowinnybyćpodawanezgodniezogólnieprzyjętymizasadami,awięcpoprzez
zaznaczenienumeruatomuwęglawłańcuchu,zktórymgrupafunkcyjnalubpodstawnik
jestpołączony.Dopuszczalneiszerokostosowanejestużywanielitergreckichdooznacze-
niapołożeniaatomulubgrupyfunkcyjnejwstosunkudogrupykarboksylowej:C2jest
równoznacznezCa,C3zCb,aC4zCgitd.Heteroatomotrzymujetakiesamelokantyjak
atomwęgla,doktóregojestprzyłączony;np.N2lubNaoznacza,żeatomazotujest
związanyzdrugimatomemwęgla,tj.zC2(Ca),zaśN6możnazapisaćjakoN6lubNe;tak
więcdwiegrupyaminowelizynyoznaczasięjakoN2iN6lubN2iN6,alboteżNaiNe,
zczegownioskujemyoichpołożeniuodpowiednioprzydrugimlubszóstymatomiewęgla:
6
5
4
3
2
1
NH
2–CH
2–CH
2–CH
2–CH
2–CH(NH
2)–COOH
numeracjaatomówwlizynie
e
d
g
b
a
Heteroatomnakońcułańcucha,niezależnieododdaleniaodgrupykarboksylowej,
możebyćoznaczanyjakow,np.Nw.
Grupymetylowewaliny,podobniejakleucynyorazizoleucyny,nosząnumerację
odpowiednioC4iC4´,C5iC5´orazC5iC3´:
4´CH
3
5´CH
3
3´CH
3
4CH
3CHCH(NH
2)COOH
5CH
3CHCH
2CH(NH
2)COOH5CH
3CH
2CHCH(NH
2)COOH
Val
Leu
Ile
