Treść książki
Przejdź do opcji czytnikaPrzejdź do nawigacjiPrzejdź do informacjiPrzejdź do stopki
1030Białkaiproteom
15
metylacja
HC
CUKiER
+
CH3
N
N
C
C
O
C
N
NH
C
NH2
7-metyloguanina
deaminacja
HC
CUKiER
N
N
C
C
C
N
O
NH
CH
podstawieniesiarki
izomeryzacjazasady
nasyceniewiązaniapodwójnego
S
O
O
C
HN
CH
C
HN
NH
C
HN
CH2
O
C
N
CH2
C
CH
O
N
C
CH
O
C
CUKiER
CUKiER
CUKiER
hypoksantyna
4-tiouracyl
pseudouracyl
dihydrouracyl
informacjębiologicznązawartąwmRNAwtakisposób,żekodowaneprzeznie
białkomazmienionąstrukturę.
ZnanymprzykłademredagowaniaRNAsązmianywludzkimmRNAdlaapo-
lipoproteinyB.Występujądwiewersjetegobiałka:syntetyzowanawkomórkach
jelitaapolipoproteinaB48iniemaldwarazydłuższaapolipoproteinaB100syn-
tetyzowanawkomórkachwątroby.Obydwabiałkabiorąudziałwtransporcie
lipidówworganizmie,jednakichspecyficznefunkcjesąróżne.BiałkoB48jest
częściąstrukturytransportującejonazwiechylomikron,natomiastB100wpołą-
czeniuzinnymibiałkamitworzykomplekszwanylipoproteinąbardzoniskiej
gęstości(ang.verylowdensitylipoprotein).ObydwiewersjeapolipoproteinyB
sąkodowaneprzeztensamgen,alewkomórkachjelitacytozynawpozycji6666
14000-nukleotydowegomRNAjestredagowanawreakcjideaminacji.Tazmiana
wystarczy,byprzekształcićmRNAapolipoproteinyB100wmRNAkodującyapoli-
poproteinęB48(rys.1.19).
Różnedefinicjetranskryptomu
ChociażwiększośćbiologówdefiniujeobecnietranskryptomjakocałyRNA
komórki,jednaktenwprowadzonyw1997r.terminpoczątkowoodnosiłsiętylko
domRNA.mRNAstanowimniejniż4%całegokomórkowegoRNA,aleczęsto
jestuważanyzajegonajistotniejszyskładnik,ponieważzawierakodująceRNA
wykorzystywanewkolejnymetapieekspresjigenomu.Nawetunajprostszych
organizmów,takichjakbakterieidrożdże,wielegenówkodującychbiałkajest
aktywnychtylkowpewnymokresie.DlategomRNAkomórkiniejestjednorodny
izawierakopiesetek,jeślinietysięcyróżnychgenów.CałymRNAkomórkiokre-
ślazestawbiałekwytwarzanychprzezkomórkę,determinującjejbiochemiczne
właściwości.Celemwieluwcześniejszychbadańtranskryptomubyłozidentyfiko-
waniewszystkichlubjaknajwiększejliczbykomórkowychmRNA,abyzrozumieć
ogólnywzórekspresjigenóworazto,jaktenwzórsięzmienia,np.wtedy,gdy
komórkarakowacieje.Tenrodzajbadańjestważnyrównieżdzisiaj(sekcja12.5),
aleponieważskupiasięnamRNA,ciągleistniejetendencja,bymówiącotrans-
kryptomie,odnosićsiętylkodomRNAkomórki.
Szerszadefinicjatranskryptomu,któraobejmujewszystkierodzajeRNA
wkomórce,odzwierciedlanaszerosnącezrozumienietego,jakważnefunkcjewokre-
śleniubiochemicznychwłasnościkomórkiodgrywająniekodująceRNA.Wszczegól-
nościsncRNA,zwanemikroRNA(miRNA),regulująekspresjęgenówwkomórkach
eukariotycznych,biorącudziałwprocesiedegradacjitychcząsteczekmRNA,któ-
rychproduktyniesąjużpotrzebne(sekcja12.3).Komórkiludzkiemogąsyntetyzować
ok.1000rodzajówmiRNA,specyficznychdlapojedynczychmRNAlubmałychgrup
mRNA.Zrozumienietego,jakirodzajmiRNAjestsyntetyzowanywposzczególnych
komórkach,oraztego,jakwzórsyntezymiRNAzmieniasięwczasiechoroby,jest
istotnymuzupełnieniemodpowiednichbadańdotyczącychmRNA.Objęciedefini-
cjątranskryptomuwszystkichRNAkomórkimasens,ponieważskupieniesiętylko
namRNAprowadzidopominięciafundamentalnejrolipozostałychczęścitranskryp
-
tomuwregulacjiekspresjiinformacjibiologicznejzakodowanejwgenomie.
1030BiAłKAiPROTEOM
Kolejnymproduktemekspresjigenomujestproteom(patrzrys.1.2),zestaw
białekkomórkiokreślający,jakiereakcjebiochemicznedanakomórkamoże
Rys.1.18.Przykładychemicznie
zmodyfikowanychzasad
występującychwrRnAitRnA0
napomarańczowozaznaczono
różnicemiędzyzasadąstandardową
apochodzącąodniejzasadą
zmodyfkowaną
5‘
redagowanie
5‘
CAA
UAA
KOMÓRKIWĄTROBY
4563-aminokwasowa
apolipoproteinab100
KOMÓRKIJELITA
2153-aminokwasowa
apolipoproteinab48
3‘
3‘
Rys.1.19.RedagowaniemRnA
ludzkiejapolipoproteinyB0
Deaminacjacytozynywpozycji6666
mrnAprzekształcająwuracyl,
coprowadzidopowstaniakodonu
terminacyjnego(sygnałuterminacji
translacji)ipowstaniaskróconejformy
apolipoproteinybsyntetyzowanej
wkomórkachjelita
