Treść książki
Przejdź do opcji czytnikaPrzejdź do nawigacjiPrzejdź do informacjiPrzejdź do stopki
20Rozdział2Strukturaifunkcjabiałek
N
H
O
O
N
H
R
R
H
N
O
O
H
N
R
R
N
H
O
wiązania
wodorowe
O
N
H
antyrównoległastruktura
β-harminijki
R
O
O
N
H
N
H
R
R
O
O
H
N
H
N
R
O
O
N
H
N
H
wiązania
wodorowe
równoległastruktura
β-harminijki
RYS.2.7.Wiązaniewodorowewantyrównoległychirównoległychstrukturachβ-harminijki
(strzałkiwskazująnaC-koniecłańcucha)
R
N
H
O
O
HN
N
H
R″
O
R!
RYS.2.8.Strukturaβ-zakrętuzzaznaczonym
wiązaniemwodorowymmiędzypierwszym
itrzecimwiązaniempeptydowym
przezstrukturępierwszorzędowąidokładnietakisam
kształtprzyjmujekażdacząsteczkategobiałkaworgani-
zmieł.Rzeczywiście,wlaboratoriummożliwejestsyntezo-
waniebiałek,któreautomatycznieprzyjmujątęsamątrój-
wymiarowąstrukturęidziałająjaknaturalniewystępujące
białko.PrzykłademjestenzymproteazaHIV-1(podrozdział
20.7.4.1).
Rodzitopytanie.Dlaczegołańcuchaminokwasówprzyj-
mujetakprecyzyjnytrójwymiarowykształt?Napierwszy
rzutokaniematosensu.Jeślipołożymykawałeksznurka
nastole,nieułożysięonwskomplikowanyizłożonykształt.
Dlaczegowięctakdziejesięzłańcuchemaminokwasów?
Odpowiedziąjestfakt,żebiałkoniejesttylkozwykłym
kawałkiemsznurka.Składasięonozdużejliczbyróżnych
chemicznychgrupfunkcyjnych,któretworząwiązaniapep-
tydoweszkieletubiałkowego,jakrównieżróżnełańcuchy
boczneaminokwasów.Mogąoneoddziaływaćmiędzysobą,
odpychającsięlubprzyciągając.Dlategobiałkobędziesię
skręcaćiobracać,ażdoznalezienianajbardziejstabilnego
kształtulubkonformacji,wktórejzminimalizowanebędą
niekorzystneinterakcjeizwiększonetekorzystne,czyli
powstaniestrukturatrzeciorzędowa(rys.2.10).
łNiektórebiałkazawierająfragmentyznanejakokofaktory(np.jonymetali
lubmałecząsteczkiorganiczne),któremająrównieżwpływnastrukturę
trzeciorzędową.
RYS.2.9.Strukturaprzestrzennabiałka(1hcl)zbazy
PDB(ang.ProteinDataBank)dlaludzkiejkinazyzależnej
odcykliny2(CDK2),wktórejcylindryprzedstawiają
α-helisy,astrzałkiβ-kartki.BazaPDBzawierastruktury
przestrzenne3Dbiałek,zktórychmożnabezpłatnie
korzystać.Każdyplikstrukturybiałkowejotrzymujekod,
naprzykład1hcl
Zwyjątkiemwiązańdisiarczkowych,oddziaływaniaprzy-
ciągającezaangażowanewtworzeniestrukturytrzeciorzędo-
wej,sątakiesamejakoddziaływaniamiędzycząsteczkowe
opisanewpodrozdz.1.3.Teostatniewystępująmiędzyróż-
nymicząsteczkami,podczasgdywiązaniaodpowiadające
zabiałkowąstrukturętrzeciorzędowąwystępująwobrębie
tejsamejcząsteczki,awięcnazywanesąwiązaniamiwe-
wnątrzcząsteczkowymi.Niemniejjednakzasadyopisane
wpodrozdz.1.3sątakiesame.
Sprawdźswojąwiedzęiwykonajmodelowanie
molekularnezapomocąćwiczenia2.2nastronie
www.oxfordtextbooks.co.uklorclpatrick6el
